NIK poświadcza, że minister infrastruktury i rozwoju należycie zaplanował, zorganizował, koordynował i realizował proces przygotowań do wykorzystania środków z funduszy strukturalnych oraz Funduszu Spójności. Podjęte działania umożliwiły przygotowanie i przekazanie do Komisji Europejskiej projektu umowy partnerstwa oraz projektów krajowych i regionalnych programów operacyjnych. Działania związane z opracowaniem projektu umowy partnerstwa były skuteczne i doprowadziły do przedłożenia dokumentu Komisji Europejskiej w obowiązującym terminie.

W Ministerstwie przygotowano projekt nowelizacji Ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, która weszła w życie 8 kwietnia 2014 roku. Opracowano też projekt Ustawy o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020.

Zarządy województw opracowały i przekazały do Komisji Europejskiej projekty regionalnych programów operacyjnych. Minister Infrastruktury i Rozwoju wydał opinie o zgodności projektów Regionalnych Programów Operacyjnych z zapisami projektu umowy partnerstwa, z zastrzeżeniem uwzględnienia zgłoszonych uwag.
NIK stwierdza, że w Ministerstwie i urzędach marszałkowskich prowadzono działania w celu przygotowania instytucji do realizacji programów operacyjnych w latach 2014-2020.

Zdaniem NIK należy podkreślić, że w projektach krajowych programów operacyjnych oraz w projektach programów regionalnych zaplanowano uwzględnienie uproszczeń, mających na celu zmniejszenie obciążeń administracyjnych we wdrażaniu funduszy w okresie 2014-2020. Mają one dotyczyć zarówno regulacji prawnych jak i instytucjonalnych, w tym sposobu występowania o dofinansowanie i realizacji oraz rozliczania projektów przez beneficjentów.

Minister oraz zarządy województw podjęły odpowiednie działania, mające na celu wyznaczenie i przygotowanie instytucji zarządzających i pośredniczących do wykonywania zadań wdrożeniowych. W ramach Ministerstwa i urzędów marszałkowskich podjęta została decyzja o powierzeniu instytucjom zarządzającym programami operacyjnymi obowiązków związanych z poświadczaniem wydatków, poniesionych w ramach programów operacyjnych (tzw. certyfikacji wydatków).

W ramach systemu wdrażania programów operacyjnych nie będzie funkcjonowała oddzielna Instytucja Certyfikująca, nie będą także funkcjonowały Instytucje Pośredniczące w Certyfikacji.
Zdaniem NIK, należy jednak zapewnić rozdzielenie funkcji zarządzania i certyfikacji w ramach Instytucji Zarządzających.
Realizacja zadań dotyczących poświadczania poniesionych wydatków powinna być instytucjonalnie i proceduralnie rozdzielona od zadań związanych z zarządzaniem i kontrolą, tzn. zadania te nie mogą być realizowane przez te same osoby i komórki organizacyjne. Podział ten będzie szczególnie istotny przy realizacji projektów własnych samorządu województwa. Przejęcie zadań w zakresie certyfikacji wydatków przez IZ RPO wymaga szczególnej uwagi zarządów województw, gdyż urzędy marszałkowskie będą to zadanie wykonywać po raz pierwszy (wcześniej te zadania wykonywały urzędy wojewódzkie).

Podział funduszy strukturalnych na krajowe programy operacyjne na lata 2014-2020

Program operacyjny   
Infrastruktura i Środowisko    27,4  mld euro  60,1 procent

Inteligentny Rozwój    8,6 mld euro   18,9 procent

Wiedza, Edukacja, Rozwój    4,7 mld euro   10,3 procent

Polska Cyfrowa    2,2 mld euro    4,8 procent

Polska Wschodnia    2,0 mld euro   4,4 procent

Pomoc Techniczna    0,7 mld euro   1,5 procent

Ogółem    45,6  mld euro   100 procent

Podział funduszy strukturalnych na regionalne programy operacyjne na lata 2014-2020

Regionalny program operacyjny   

Dolnośląskie    2,2  mld euro  7,1 procent
Kujawsko-Pomorskie    1,9  mld euro  6,1 procent
Lubelskie    2,2  mld euro  7,1 procent
Lubuskie    0,9 mld euro   2,9 procent
Łódzkie    2,2 mld euro   7,1 procent
Małopolskie    2,9 mld euro   9,3 procent
Mazowieckie    2,1 mld euro   6,8 procent
Opolskie    0,9 mld euro   2,9 procent
Podkarpackie    2,1 mld euro   6,8 procent
Podlaskie    1,2 mld uero   3,9 procent
Pomorskie    1,9  mld euro  6,1 procent
Śląskie    3,5 mld euro   11,3 procent
Świętokrzyskie    1,4 mld uero   4,5 procent
Warmińsko-Mazurskie    1,7 mld euro   5,5 procent
Wielkopolskie    2,4  mld euro  7,7 procent
Zachodniopomorskie    1,6 mld euro   5,1 procent
Ogółem    31,1 mld euro   100 procent