Kandydat na stanowisko prezesa Funduszu powinien posiadać wykształcenie wyższe magisterskie w zakresie prawa, ekonomii, medycyny, organizacji ochrony zdrowia lub zarządzania. Powinien także posiadać co najmniej 6-letni staż pracy, w tym co najmniej 3-letni staż na stanowisku kierowniczym, oraz wiedzę z zakresu spraw będących w gestii Narodowego Funduszu Zdrowia.

Do obowiązku prezesa Funduszu należy między innymi prowadzenie gospodarki finansowej, zarządzenie funduszami i mieniem NFZ, zaciąganie zobowiązań w imieniu Funduszu, opracowanie planu finansowego, planu pracy oraz sprawozdań. Do zadań prezesa NFZ należy powoływanie i odwoływanie dyrektorów wojewódzkich oddziałów, wykonywanie uchwał Rady NFZ czy koordynowanie współpracy Funduszu z organami administracji rządowej, instytucjami działającymi na rzecz ochrony zdrowia, instytucjami ubezpieczeń społecznych, samorządami zawodów medycznych, związkami zawodowymi, organizacjami pracodawców, świadczeniodawców oraz ubezpieczonych.

Od grudnia 2013 roku pełniącym obowiązki prezesa NFZ był Marcin Pakulski, zastępca prezesa Funduszu ds. medycznych, natomiast od końca lutego 2014 – Wiesława Kłos, zastępca prezesa Funduszu ds. finansowych.

Od czerwca 2012 do listopada 2013 prezesem Narodowego Funduszu Zdrowia była Agnieszka Pachciarz. Powodem odwołania prezes Pachciarz był sądowy spór NFZ z ministrem zdrowia. Prezes NFZ złożyła do wojewódzkiego sądu administracyjnego skargę na ministra zdrowia w sprawie zapłaty przez MZ za świadczenia osób niezgłoszonych do ubezpieczenia, ale uprawnionych do świadczeń. Chodziło o kwotę w wysokości 900 tysięcy złotych. Resort odpowiadał, że Fundusz zawyża ich liczbę.