Działalność oddziału w zakresie kontraktowania świadczeń opieki zdrowotnej oceniono pozytywnie z uchybieniami. Uwagi dotyczyły przede wszystkim procesu negocjacji ze świadczeniodawcami oraz weryfikacji ofert przedstawianych przez świadczeniodawców.

Po kontroli dotyczącej realizacji zadań „Narodowego programu zwalczania chorób nowotworowych”, NIK wydała ocenę pozytywną, pomimo stwierdzonych nieprawidłowości. Izba wnioskowała o niezwłoczne wstrzymanie wykonania umów zawartych na realizację świadczeń w ramach programu profilaktyki raka piersi w przypadku negatywnego wyniku kontroli jakości badań mammograficznych oraz audytu klinicznego zdjęć mammograficznych do czasu usunięcia przez świadczeniodawców wszystkich nieprawidłowości. 

Zalecenia NIK dotyczyły też objęcia kontrolą świadczeniodawców, z którymi oddział zawiera umowy na realizację programów profilaktyki raka szyjki macicy i raka piersi oraz nawiązania w tym zakresie współpracy z konsultantami wojewódzkimi.

Ministerstwo Zdrowia przeprowadziło kontrolę dotyczącą działalności dolnośląskiego oddziału Funduszu w zakresie monitorowania i kontrolowania realizacji zawartych umów dotyczących usług w zakresie ambulatoryjnej opieki specjalistycznej oraz przeprowadzenia na podstawie art. 139 ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych postępowań w sprawie zawarcia umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej na świadczenia AOS w okresie od 1 stycznia 2012 roku do 31 grudnia 2012 roku.

ZUS przeprowadził kontrolę dotyczącą prawidłowości i rzetelności obliczania składek na ubezpieczenia społeczne oraz innych składek, do których pobierania zobowiązany jest ZUS oraz zgłaszania do ubezpieczeń społecznych i ubezpieczenia zdrowotnego, a także ustalania uprawnień do świadczeń z ubezpieczeń społecznych i wypłacanie tych świadczeń oraz dokonywanie rozliczeń z tego tytułu, prawidłowości i terminowości opracowywania wniosków o świadczenia emerytalne i rentowe i wystawiania zaświadczeń lub zgłaszanie danych dla celów ubezpieczeń społecznych.  Kontrola zakończyła się wynikiem pozytywnym.

Instytucje zewnętrzne w 2013 roku przeprowadziły w jednostkach Funduszu 63 kontrole. Większość postępowań została przeprowadzona przez Najwyższą Izbę Kontroli (32), ponadto kontrolę przeprowadziły: Ministerstwo Zdrowia (12), Archiwum Państwowe (5), Państwowa Inspekcja Pracy (4), wojewodowie (4), Zakład Ubezpieczeń Społecznych (4) oraz Generalny Inspektor Ochrony Danych Osobowych (2).

Najwięcej kontroli przeprowadzono w Centrali Funduszu (9) oraz w mazowieckim oddziale wojewódzkim (7). W oddziałach małopolskim i natomiast przeprowadzono po jednej kontroli.