Polegały one na niewłaściwym dokumentowaniu przez komisje konkursowe niektórych etapów postępowań mających na celu wyłonienie wykonawców programów leczenie raka piersi i leczenie przewlekłej białaczki szpikowej, na ponad 8-miesięcznym opóźnieniu w opracowaniu planu kontroli świadczeniodawców realizujących programy terapeutyczne w 2011 roku oraz na nieskutecznym egzekwowaniu od świadczeniodawców niektórych obowiązków sprawozdawczych wynikających z umów i obowiązku przekazania do oddziału oryginału karty rejestracji świadczeniobiorcy.
ZUS przeprowadził w oddziale kontrolę dotyczącą prawidłowości i rzetelności obliczania składek na ubezpieczenia społeczne oraz innych składek, do których pobierania jest zobowiązany oraz zgłaszanie do ubezpieczeń społecznych i ubezpieczenia zdrowotnego, ustalania uprawnień do świadczeń z ubezpieczeń społecznych i wypłacanie tych świadczeń oraz dokonywanie rozliczeń z tego tytułu, prawidłowości i terminowości opracowywania wniosków o świadczenia emerytalne i rentowe oraz wystawiania zaświadczeń lub zgłaszanie danych dla celów ubezpieczeń społecznych.
W wyniku kontroli stwierdzono nieprawidłowości w wykazaniu składek z budżetu państwa u pracownika, gdyż oddział nie przedstawił informacji o zakończeniu przez niego prowadzenia działalności gospodarczej. Stwierdzono niewypłacenie wyrównania zasiłku z ubezpieczenia wypadkowego, które wynikło z braku wiedzy o uznaniu przez ZUS wypadku za wypadek przy pracy. Stwierdzono nieprawidłowe naliczanie składek na Fundusz Pracy u osób powracających z urlopu macierzyńskich i wychowawczych.
Archiwum Państwowe przeprowadziło kontrolę archiwum zakładowego, sposobu postępowania z materiałami archiwalnymi i dokumentacją niearchiwalną, stosowania przepisów kancelaryjno-administracyjnych. Stwierdzone nieprawidłowości dotyczyły błędnego klasyfikowania i kwalifikowania części wytwarzanej dokumentacji oraz nieregularnego i niekompletnego przekazywania teczek akt spraw zakończonych z komórek organizacyjnych do archiwum zakładowego.
Kontrola w podlaskim oddziale NFZ: pozytywnie mimo nieprawidłowości
Najwyższa Izba Kontroli przeprowadziła w roku 2013 w podlaskim oddziale Narodowego Funduszu Zdrowia kontrolę w zakresie programów terapeutycznych i lekowych finansowanych ze środków publicznych. W wyniku kontroli wydano ocenę pozytywną, mimo stwierdzonych nieprawidłowości.