Wnioski mogą być składane za pośrednictwem dedykowanego systemu teleinformatycznego dostępnego pod adresem: http://egate.rejestrymedyczne.csioz.gov.pl/ lub  elektronicznej skrzynki podawczej Głównego Inspektora Farmaceutycznego w ramach elektronicznej Platformy Usług Administracji Publicznej.

GIF poinformował o sposobie składania wniosków w związku z nowelizacją ustawy z 6 września 2001 roku – Prawo farmaceutyczne (Dz. U. z 2008 r. nr 45, poz. 271 z późn zm.), wprowadzoną ustawą z 9 października 2015 roku o zmianie ustawy o systemie informacji w ochronie zdrowia oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2015 r. poz. 1991).
 
Jednak, jak poinformował również Główny Inspektor Farmaceutyczny, mając na uwadze ogólne zasady prowadzenia postępowania administracyjnego określone w Kodeksie postępowania administracyjnego, w szczególności zasadę pisemności oraz zasadę pogłębiania zaufania obywateli do organów państwa, rozpatrywane będą również wnioski o udzielenie zezwolenia na prowadzenie hurtowni farmaceutycznej złożone w postaci papierowej.

Od 1 stycznia 2017 roku możliwe będzie również składanie wniosków o udzielenie zezwolenia na prowadzenie hurtowni farmaceutycznej za pośrednictwem stanowiska obsługi wniosków w Głównym Inspektoracie Farmaceutycznym.