Wśród najczęściej sygnalizowanych problemów wymienić można: 1) wzajemnie stereotypowe postrzeganie się przez organizacje pozarządowe i j.s.t., 2) nieznajomość instrumentów prawnych dotyczących współpracy tak przez organizacje, jak i samorządowców, 4) brak środków finansowych, 5) bierność organów administracji samorządowej, 6) roszczeniową postawę organizacji pozarządowych, 7) pozorną współpracę, 8) poplecznictwo i nepotyzm, tj. faworyzowanie takich organizacji pozarządowych, które są prowadzone przez osoby związane (np. więzami rodzinnymi) z władzą samorządową, 9) marginalizację małych organizacji pozarządowych, 10) brak transparentności i równości w nawiązywaniu współpracy z instytucjami publicznymi, 11) brak równego dostępu do konsultacji.

Wydaje się jednak, że zmiany ustawowe częściowo powinny rozwiązać sygnalizowane problemy, aczkolwiek należy podkreślić, że dziś regulacje prawne już nie wystarczą. Konieczna jest bowiem zmiana praktyki stosowania prawa i mentalności obu stron, tak organizacji, jak i administracji samorządowej. Trzeba bowiem zauważyć, że współpraca administracji samorządowej z organizacjami pozarządowymi w szerokim znaczeniu to także współpraca poza formami przewidzianymi w u.d.p.p. Obejmuje ona między innymi udostępnianie informacji publicznej na wniosek organizacji czy udział organizacji pozarządowych w postępowaniach administracyjnych prowadzonych przez jednostki samorządu terytorialnego.

Strony współpracy opartej o u.d.p.p. mają, jak się wydaje, wystarczające narzędzia pozwalające na efektywną i skuteczną współpracę, teraz należy skoncentrować się raczej na umiejętności wykorzystania tego, co stworzył ustawodawca. Więcej na temat współpracy j.s.t. z organizacjami pozarządowymi znajdziesz w książce Bogdana Dolnickiego „Formy współdziałania jednostek samorządu terytorialnego”