Nowa regulacja zakłada również sposoby pomocy organom podatkowym w zapewnieniu płatności samego podatku VAT i uniknięciu oszustw podatkowych. Dokonać tego zamierza poprzez ustanowienie nieprzekraczalnych terminów wystawiania faktur, co w konsekwencji przyspieszy wymianę informacji na temat wewnątrzwspólnotowego łańcucha dostaw dóbr i usług.
Dotychczas obowiązujące przepisy nie sprzyjały harmonizacji zasad na poziomie unijnym, ze względu na różnorodność opcji pozostawianych krajom członkowskim, prowadzącej w efekcie do stanu, w którym postanowienia obecnej dyrektywy nie były w pełni realizowane. Co więcej, obowiązek pozostawania w zgodności z wymaganiami regulacyjnymi hamował inicjatywy adoptowania technologii sprzyjających rozwojowi e-fakturowania. Rada prognozuje potencjalną oszczędność kosztów przedsiębiorstw w wysokości do 18 miliardów EUR w skali roku, jeśli pomyślnie uda się wyeliminować przeszkody we wprowadzeniu e-faktur w kontekście VAT.
Dyrektywa przewiduje również nowe brzmienie przepisów dotyczących podpisu elektronicznego stosowanego przy fakturowaniu. Nowe regulacje w tym zakresie mają wejść w życie w 2013 roku.

Według wykonanego w Ministerstwie Gospodarki roboczego tłumaczenia nowe brzmienie artykułu 233 Dyrektywy będzie następujące:

"1. Autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność faktury, niezależnie czy w formie papierowej czy elektronicznej powinny być zapewnione począwszy od momentu wystawienia do końca okresu przechowywania faktury. Każda z podlegających opodatkowaniu osób zobowiązana jest określić sposób zapewnienia autentyczności pochodzenia, integralności treści i czytelności faktury. Pieczę nad tym sprawować mogą dowolne organa kontroli biznesowej, produkujące rzetelną dokumentacją audytorską w relacji faktura – dostawa dóbr i usług. “Autentyczność pochodzenia” oznacza zapewnienie o tożsamości dostawcy bądź wystawcy faktury. “Integralność treści” oznacza, że treść wymagana zapisami niniejszej Dyrektywy nie uległa zmianie.
2. Poniżej (z wyłączeniem środków kontroli biznesowej opisanych w paragrafie 1) przedstawia się przykłady technologii służących zapewnieniu autentyczności pochodzenia i integralności zawartości faktury elektronicznej:
Zaawansowany podpis elektroniczny w znaczeniu definicji zawartej w pkt 2 art.2 Dyrektywy 1999/93/EC Parlamentu Europejskiego i Komisji Europejskiej ustalającej wspólnotowe ramy dla podpisów elektronicznych bazujących na certyfikatach kwalifikowanych i składanych przy użyciu bezpiecznego urządzenia, zdefiniowanego w punktach 6 i 10 art.2 Dyrektywy 1999/93/WE.
System Elektronicznej Wymiany Danych (EDI), zgodnie z definicją art.2 Zalecenia Komisji 1994/820/WE z 19. października 1994, odnoszącego się do aspektów prawnych elektronicznej wymiany danych, gdzie ustalenia w zakresie wymiany uwzględniają użycie procedur zapewniających autentyczność pochodzenia i integralność danych."

Czytaj także >>> E-faktury będą dopiero za rok