Senatorowie zaproponowali pięć poprawek do nowelizacji ustawy. Jak powiedział senator PO Kazimierz Kleina, przewodniczący komisji budżetu i finansów publicznych, poprawki te mają głównie charakter legislacyjny.
"One upraszczają procedury związane ze zgłaszaniem statków przy pobieraniu opłaty tonażowej" - powiedział senator. Dodał, że jedna z poprawek daje możliwość przedsiębiorcy "dokonywania wyboru momentu, w którym chce skorzystać z nowych przepisów, w którym chce przejść na rozliczenie według nowych zasad systemu podatku tonażowego".
Podatek tonażowy został wprowadzony w 2006 r. Taka forma opodatkowania miała odwrócić tendencję rejestrowania polskich statków pod obcymi banderami oraz zwiększyć konkurencyjność polskich przedsiębiorstw żeglugowych. Podatek tonażowy jest podatkiem zryczałtowanym, którego wysokość zależy od pojemności netto statku i okresu jego eksploatacji, a nie od zysku z działalności - jak w przypadku podatku dochodowego.
Jednak w rozumieniu przepisów unijnych podatek tonażowy stanowi środek pomocy publicznej, jego wprowadzenie wymagało więc akceptacji Komisji Europejskiej. W 2009 r. KE uznała, że jest on zgodny z wewnętrznym rynkiem UE, ale w ustawie z 2006 r., wprowadzającej podatek tonażowy, należy dokonać zmian.
W znowelizowanych przepisach określono, że przedsiębiorca żeglugowy nie będzie mógł odliczać od podatku tonażowego składek na ubezpieczenie zdrowotne oraz składek na ubezpieczenie społeczne od podstawy opodatkowania tym podatkiem.
Ponadto podatkiem tonażowym będzie można objąć holowniki i pogłębiarki - o ile świadczą one usługi transportu morskiego.
Jak podkreślono w uzasadnieniu, nowe przepisy powinny zachęcić przedsiębiorców do rejestracji statków pod polską banderą i doprowadzić do zwiększenia zatrudniania polskich marynarzy. Nowe regulacje mają obowiązywać od początku 2013 r.
Nowelizacja ustawy trafi ponownie do Sejmu.