Wejście w życie Unijnego Kodeksu Celnego wymagało dostosowania do nowej systematyki składów celnych, gdyż przepisy UKC nie przewidują składów celnych typu E, dostosowania dotychczasowych zasad dotyczących właściwości do postanowień UKC, określenia właściwości krajowego organu celnego do przyjęcia wniosku o udzielenie pozwolenia na korzystanie z procedury uszlachetniania czynnego, w sytuacji gdy wnioskodawca ma siedzibę poza obszarem celnym Unii Europejskiej i uregulowania w przepisach krajowych właściwości miejscowej organów celnych w sprawach zwrotów lub umorzeń należności celnych.

Nowe regulacje wynikają także z faktu ustanowienia w UKC nowych instytucji (stosowania specjalnego rodzaju zamknięć celnych w procedurze tranzytu unijnego, stosowania zgłoszenia celnego ze zmniejszoną liczbą danych w procedurze tranzytu unijnego i stosowania elektronicznego dokumentu przewozowego jako zgłoszenia celnego w procedurze tranzytu unijnego, a także odprawy scentralizowanej, która może być realizowana wewnątrz kraju oraz w której realizację mogą być zaangażowane co najmniej dwa państwa Unii Europejskiej, oraz samoobsługi celnej).

Rozporządzenie ministra finansów z 31 maja 2016 r. w sprawie właściwości miejscowej organów celnych (Dz. U. poz. 801) weszło w życie 8 czerwca 2016 r.