W przedmiotowej sprawie WSA w Warszawie uznał, że przepis § 12 ust. 7 pkt 5 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 24 grudnia 2009 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 224, poz. 1799) w części nakazującej podatnikowi zamieszczenie na fakturze kwot, które mają być przekazane organizacji pożytku publicznego oraz kwot zatrzymywanych przez dostawcę usługi sprzeczny jest z art. 226b dyrektywy 112. Obecnie sporny przepis obowiązuje w § 13 ust. 6 pkt 5 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 4 kwietnia 2011 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 73, poz. 392).

Paragraf 12 ust. 7 pkt 5 (§ 13 ust. 6 pkt 5) rozporządzenia VAT wskazuje na jeden z warunków zastosowania zwolnienia, jakim jest konieczność wyszczególnienia na fakturach za usługi telekomunikacyjne liczby połączeń zrealizowanych z wykorzystaniem numerów do świadczenia usługi o podwyższonej opłacie, wartości tych usług z uwzględnieniem tych kwot, które mają być przekazane organizacji pożytku publicznego oraz kwot zatrzymywanych przez dostawcę usługi. Zdaniem WSA w żadnym z punktów art. 226 dyrektywy 112 ustawodawca unijny nie nałożył na podatników obowiązku wskazywania na fakturze informacji co do wysokości kwot, które mają zostać przekazane organizacji pożytku publicznego oraz kwot zatrzymywanych przez dostawcę usługi. Taki wymóg nie wynika także z treści art. 226b dyrektywy 112 czy pozostałych przepisów rozdziału 3 dyrektywy 112.

NSA, do którego trafiła sprawa wskazał jednak, że art. 226 w pkt 8 dyrektywy 112 nakłada obowiązek wykazywania podstawy opodatkowania dla każdej stawki podatku lub zwolnienia, cenę jednostkową z wyłączeniem VAT, a także wszelkie upusty lub rabaty, o ile nie zostały one uwzględnione w cenie jednostkowej. Według NSA kwota przekazywana do organizacji pożytku publicznego stanowi właśnie podstawę opodatkowania zwolnienia z VAT, zaś kwota zatrzymywana jest niczym innym jak kwotą podlegającą opodatkowaniu. Odmienna nomenklatura językowa nie zmienia istoty tych kwot, jako kwot podstaw opodatkowania w VAT. Stąd też NSA uznał, że § 12 ust. 7 pkt 5 rozporządzenia VAT jest zgodny z art. 226 pkt 6 i 8 dyrektywy 112.

Zdaniem NSA Sąd pierwszej instancji dokonując wykładni prounijnej skoncentrował się jedynie na aspekcie językowym przepisu § 12 ust. 7 pkt 5 rozporządzenia VAT, stanowiącego fragment regulacji dotyczącej wskazanego zwolnienia i w tym też zakresie dokonał analizy porównawczej z treścią przepisów dyrektywy 112, w szczególności jej art. 226 i art. 226b dyrektywy 112, co doprowadziło go do błędnych wniosków w przedmiocie sprzeczności rzeczonej regulacji z treścią dyrektywy 112.

A obowiązkiem sędziego jest interpretacja przepisów prawa krajowego tak dalece, jak jest to możliwe, w świetle treści i celu dyrektywy. Aby dokonać pełnej oceny zgodności prawa krajowego z prawem unijnym, należy odwołać się nie tylko do litery przepisu, ale również poznać jego kontekst, miejsce w systemie, funkcje i cele, którym służy.

Wyrok NSA z 12 września 2012 r., I FSK 1781/11