Jeżeli realizowany przez uczelnię wyższą projekt oprócz przeznaczenia do sprzedaży ma również cele edukacyjne, czyli zwolnione z VAT, przysługuje jej częściowe odliczenie podatku naliczonego.
Uczelnie wyższe mają wątpliwości co do możliwości odliczenia VAT naliczonego w związku z realizacją projektów badawczo-rozwojowych finansowanych z budżetu państwa. Zarówno prawa do korzystania z tych wyników, jak i zlecone usługi badawczo-rozwojowe są opodatkowane stawką podstawową. Jak wynika z interpelacji poselskiej (nr 19802), w trakcie wykonywania projektów i badań zawsze pośrednio realizowane są również cele uczelni, jakimi są nauka i dydaktyka (wykłady, publikacje, laboratoria itp.), zatem uczelnia w tych przypadkach realizuje cel nieopodatkowany VAT.
Jak poinformowało MF, gdy podatnik wykonuje czynności mieszczące się w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy o VAT (mogą to być zarówno czynności opodatkowane, jak i zwolnione) oraz wykonuje czynności niepodlegające VAT, należy obliczyć, jaka część obrotu uzyskiwana jest z prowadzonej działalności gospodarczej, a jaka część pochodzi ze źródeł poza tą działalnością. Podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku od zakupów związanych z czynnościami niepodlegającymi VAT.
źródło: Dziennik Gazeta Prawna, 3 lutego 2011 r.