W myśl powyższego przepisu, wolne od podatku dochodowego są stypendia otrzymywane na podstawie przepisów o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki, stypendia doktoranckie otrzymywane na podstawie przepisów - Prawo o szkolnictwie wyższym oraz inne stypendia naukowe i za wyniki w nauce, których zasady przyznawania zostały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego albo przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania.
Stypendiów naukowych dla wybitnych młodych naukowców wypłacanych na podstawie ustawy o zasadach finansowania nauki nie można utożsamiać ze stypendiami naukowymi i za wyniki w nauce, których zasady przyznawania zastały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego. Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego przyznając omawiane stypendia dla wybitnych młodych naukowców realizuje, bowiem postanowienia ustawy o zasadach finansowania nauki i wydanego na jej podstawie rozporządzenia wykonawczego, czego nie można identyfikować z zatwierdzaniem zasad przyznawania stypendiów, o którym mowa w cytowanym wyżej przepisie.
W konsekwencji, na uczelni wypłacającej to stypendium naukowe, ciąży obowiązek płatnika podatku, na podstawie art. 35 ust. 1 pkt 2 ustawy o PIT. Jednocześnie od przychodu ze stosunku pracy łączącego młodego naukowca z uczelnią, płatnik jest obowiązany pobierać zaliczki na podatek na zasadach określonych w art. 32 ustawy.
Interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 7 lutego 2012 r., IPTPB1/415-266/11-4/AG