Czy należy korygować VAT w przypadku niedoborów magazynowych:
a) zawinionych;
b) niezawinionych;
c) z tytułu wadliwego działania oprogramowania lub wadliwych procesów technologicznych;
d) ubytków naturalnych?
Jeżeli występują nadwyżki i niedobory, to czy korygować VAT od salda różnic, czy od wszystkich niedoborów?
a) niedobór wyrobu/nadwyżka surowca
b) niedobór 1 wyrobu np łyżeczka/nadwyżka innego wyrobu, np widelec
Jeżeli firma przeszacuje wartość stanów magazynowych, np ostrożna wycena na koniec roku, to także należy korygować VAT?

Moim zdaniem nie ma bezpośredniego przełożenia wyników gospodarki magazynowej na ewentualne korygowanie podatku naliczonego.
Fakt wystąpienia niedoborów u podatnika VAT co do zasady nie ma znaczenia na gruncie podatku od towarów i usług. Wystąpienie niedoboru nie jest żadną czynnością podlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Zdarzenie takie nie jest wymienione w katalogu czynności i zdarzeń opodatkowanych podatkiem od towarów i usług określonym przez przepisy ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) - dalej u.p.t.u.. Fakt wystąpienia niedoboru nie będzie więc odrębnie opodatkowany podatkiem VAT.

Pewne wątpliwości mogą dotyczyć tego, czy w związku z niedoborami należy dokonywać korekty poprzez zmniejszenie podatku naliczonego do odliczenia o podatek naliczony, który zawarty był w cenie zakupu towarów, których dotknęły niedobory. Można bowiem mówić, że poprzez zaistnienie niedoborów towary, których one dotknęły, straciły swój związek ze sprzedażą opodatkowaną i w związku z tym nie przysługuje prawo do odliczenia związanego z nimi podatku. Jeśli bowiem niedobór dotknął towaru handlowego, to wówczas towar ten nie zostanie sprzedany. Ostatecznie zatem jego zakup w sposób bezpośredni nie wiąże się zatem z wykonaniem żadnej czynności opodatkowanej.

Wątpliwości co do konieczności dokonania korekty może umacniać brzmienie przepisu art. 91 ust. 7 u.p.t.u., z którego wynika, że obowiązek korekty podatku naliczonego powstaje, w przypadku gdy podatnik miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego od wykorzystywanego przez siebie towaru lub usługi i dokonał takiego obniżenia, albo nie miał takiego prawa, a następnie zmieniło się to prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od tego towaru lub usługi.

Na podstawie powyższych przepisów można by twierdzić, że w przypadku zaistnienia niedoborów powstanie konieczność korekty podatku naliczonego. W tym miejscu należy się jednak odwołać do stosownych zapisów zawartych w prawie wspólnotowym. Z brzmienia przepisu art. 185 Dyrektywy 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE L Nr 347 z dnia 11 grudnia 2006 r., s. 1), wynika, że w przypadku należycie udokumentowanego lub potwierdzonego zniszczenia, zagubienia lub kradzieży własności nie ma obowiązku korekty podatku naliczonego. Państwa członkowskie mogą jednak wymagać korekty w przypadku kradzieży.

Mając na uwadze powyższe regulacje, oraz brak stosownych regulacji w u.p.t.u., przepis art. 91 ust. 7 u.p.t.u. należy tak interpretować, aby utrata, zniszczenie lub kradzież towarów nie były uznawane za okoliczności zmieniające prawo do odliczenia (powodujące konieczność korekty).

Przepisy unijne nie nawiązują do winy, czy też braku winy w wystąpieniu niedoborów po stronie podatnika. Wskazują tylko na konieczność udowodnienia bądź potwierdzenia faktu utraty towarów. Wydaje się, że może to także dotyczyć niedoborów zawinionych oraz niedoborów powstałych z przyczyn nieznanych. Są one przecież potwierdzoną utratą składników majątku.

Jeśli tylko fakt utraty towarów zostanie właściwie potwierdzony, to wówczas nie ma potrzeby korygowania podatku naliczonego - dotyczy to zarówno niedoborów niezawinionych, niedoborów zawinionych, niedoborów z przyczyn nieznanych, ubytków naturalnych.

Oczywiście zakładam tutaj, że mówimy o niedoborach mieszczących się w granicach rozsądku. W przypadku niedoborów o wielkościach przekraczających zdrowy rozsądek, powtarzających się podejrzanie często, etc. powstaje podejrzenie, że mamy do czynienia z oszustwem podatkowym.
Uważam ponadto, że nie ma bezpośredniego wpływu wyników gospodarki magazynowej na ewentualne korygowanie podatku naliczonego. Z tych też przyczyn np. niedobory jednego wyrobu, a nadwyżka drugiego - które wskazują, że zakupione surowce zostały zużyte na potrzeby produkcji opodatkowanej, tylko w innych proporcjach niżby to wynikało z dokumentacji, nie mogą wpływać na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego.

Podobnie wskazywane przez Państwa kwestie związane z ostrożną wyceną na koniec roku (i powstałym w związku z tym wcześniejszym przeszacowaniem stanów magazynowych) nie mogą mieć wpływu na zakres prawa do odliczenia i powodować obowiązku korekty. W tym przypadku przecież nie miały miejsca faktyczne niedobory, tylko przeszacowanie wartości stanów magazynowych. Nie było tak, że jakaś część zakupów nie posłużyła czynnościom opodatkowanych.