Jednak w przypadku wypłat z zysku otrzymywanych przez komplementariuszy takiej spółki w ustawie przewidziano mechanizm zmierzający do wyeliminowania dwóch poziomów opodatkowania (odliczenie przez komplementariusza podatku zapłaconego przez spółkę w części na niego przypadającej). Przepisy te będą miały zastosowanie począwszy od pierwszego dnia roku obrotowego spółki komandytowo-akcyjnej rozpoczynającego się po 31 grudnia 2013 r.
Włączenie spółek komandytowo-akcyjnych do zakresu podmiotowego ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych przewiduje ustawa z 8 listopada 2013 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz ustawy o podatku tonażowym (Dz. U. poz. 1387).
Nowelizacja ustawy o CIT przewiduje ponadto zmianę podatkowego rozliczania umów o subpartycypację. Nowe rozwiązania umożliwiają bankom rozliczanie w czasie przychodów podatkowych uzyskanych z transakcji subpartycypacji i rozpoznawania kosztu uzyskania przychodu w tym samym czasie, tj. co do zasady, w terminach wymagalności spłaty rat kredytów (pożyczek) objętych umową o subpartycypację.
Zmiany w ustawie o PIT polegają na przyznaniu podatnikom będących spadkobiercami prawa pomniejszenia przychodów z odpłatnego zbycia udziałów w spółce kapitałowej oraz papierów wartościowych, wykupu przez emitenta papierów wartościowych albo odkupienia (umorzenia) tytułów uczestnictwa w funduszach kapitałowych, a także zwrotu wkładów albo udziałów w spółdzielni, nabytych przez podatnika w drodze spadku - o koszty poniesione na ich nabycie przez spadkodawców.
Zmiany w ustawie o podatku tonażowym mają charakter dostosowawczy i stanowią konsekwencję rozszerzenia zakresu podmiotowego podatku dochodowego od osób prawnych o spółki kapitałowo-akcyjne.