Nowelizacja zmienia m.in. zasady dokonywania zwrotu VAT w terminie 25 dni i ogranicza stosowanie kwartalnych rozliczeń VAT. Przewiduje także sankcje podatkowe za nierzetelne rozliczanie podatku VAT. W przypadku zaniżenia zobowiązania podatkowego lub zawyżenia kwoty zwrotu podatku oraz niewpłacenia należnego zobowiązania w sytuacji niezłożenia deklaracji – groziłaby sankcja podatkowa w wysokości 30 proc. kwoty zaniżenia lub zawyżenia, a 20 proc. w przypadku złożenia korekty deklaracji po kontroli podatkowej lub w trakcie postępowania kontrolnego. Przewidziano także podwyższoną sankcję podatkową w wysokości 100 proc. w stosunku do podatników dopuszczających się oszustw podatkowych, w tym odliczających podatek z tzw. pustych faktur.
Ta podwyższona do 100 proc. sankcja nakładana w przypadkach faktur dokumentujących czynności, które nie zostały dokonane, wystawione przez podmiot nieistniejący czy gdy podają kwoty niezgodne z rzeczywistością budzi obawy przedsiębiorców. Mimo, że są to przypadki ekstremalne, to jednak niestety organy podatkowe bardzo często w sposób nieuzasadniony rozszerzają zakres takich przypadków. Zdaniem Jerzego Martini, przewodniczącego Grupy VAT Rady Podatkowej Konfederacji Lewiatan, wprowadzenie sankcji VAT zwiększy ryzyko prowadzenia działalności gospodarczej.
Przykładowo, organy zamiast badać czy nabywca, który nabył towar od oszusta działał w dobrej wierze, będą próbowały obchodzić ten wymóg wynikający z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości i nadużywać sankcji, żeby wyciągnąć pieniądze od uczciwych przedsiębiorców, którzy nieświadomie dali się wciągnąć w transakcje z niewłaściwymi podmiotami.
Jak zauważają eksperci podatkowi Lewiatana, przedsiębiorcy powinni zwiększyć nacisk na zapobieganie powstawaniu nieprawidłowości w podatku VAT, gdyż błędy w tym zakresie staną się jeszcze bardziej kosztowne. Wiąże się to z koniecznością ponoszenia dodatkowych nakładów . Mimo, że z punktu widzenia przedsiębiorców zwalczanie oszustw VAT jest bardzo ważne, trudno jest jednak uniknąć obaw, że pod pretekstem walki z oszustwami nowe narzędzia pochodzące z nowelizacji ustawy o VAT będą nadużywane przez organy podatkowe wobec zwykłych, uczciwych przedsiębiorców.
