Ustawa o VAT nie zawiera szczególnych przepisów regulujących kwestię rozliczenia korekt faktur wewnętrznych w deklaracjach VAT, dlatego należy odnieść się do ogólnego przepisu opisującego kwestię rozliczania korekt faktur.

W myśl art. 29 ust. 4a tej ustawy, w przypadku, gdy podstawa opodatkowania ulega zmniejszeniu w stosunku do podstawy określonej w wystawionej fakturze, obniżenia podstawy opodatkowania podatnik dokonuje pod warunkiem posiadania, przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, w którym nabywca towaru lub usługi otrzymał korektę faktury, potwierdzenia otrzymania korekty faktury przez nabywcę towaru lub usługi, dla którego wystawiono fakturę.

Uzyskanie potwierdzenia otrzymania przez nabywcę towaru lub usługi korekty faktury po terminie złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy uprawnia podatnika do uwzględnienia korekty faktury za okres rozliczeniowy, w którym potwierdzenie to uzyskano. Przepis ten stosuje się odpowiednio w przypadku stwierdzenia pomyłki w kwocie podatku na fakturze i wystawiania korekty faktur do faktury, w której wykazano kwotę podatku wyższą niż należna.

W przypadku faktur wewnętrznych ich wystawca jest jednocześnie ich nabywcą. Dlatego, nie jest konieczne uzyskanie potwierdzenia otrzymania korekty faktury wewnętrznej przez jej nabywcę - moment wystawienia faktury wewnętrznej jest jednocześnie momentem jej otrzymania przez nabywcę. W związku z tym, korekty faktur wewnętrznych powinny być uwzględnione w deklaracji za okres, w którym zostały wystawione.

Interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 5 marca 2012 r., IPPP3/443-1563/11-2/KT.