W praktyce często ma miejsce sytuacja, że podatnicy składają deklarację VAT z wykazaną kwotą różnicy podatku do zwrotu bezpośredniego, a następnie przestają prowadzić działalność gospodarczą i zamykają rachunek bankowy związany z prowadzeniem działalności gospodarczej. Organy podatkowe bardzo często odmawiają prawa do zwrotu podatku, powołując się na przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, który stanowi, że zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika w banku wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym podatnika.

Na szczęście takie formalistyczne i zbyt dosłowne rozumienie wskazanego wyżej przepisu art. 87 ust. 2 ustawy o VAT jest krytykowane w orzecznictwie sądowym. Przykładem tego może być Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 19 stycznia 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 2790/06. W sprawie tej podatnik złożył w czerwcu 2005 r. deklarację podatkową VAT-7 za kwiecień 2005 r., w której wykazał nadwyżkę podatku do zwrotu na rachunek bankowy. Pod koniec lipca podatnik zwrócił się z prośbą o przekazanie nadwyżki na nowy rachunek bankowy. Miało to związek z likwidacją firmy. Podatnik zakończył prowadzenie działalności gospodarczej w kwietniu 2005 r. i poinformował o tym urząd skarbowy.

Organy podatkowe obu instancji odmówiły podatnikowi dokonania zwrotu VAT. Powołały się na przepis art. 87 ust. 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.), który stanowi, że zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, w terminie 60 di od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika. Organy podatkowe uznały, że żaden przepis ustawy o VAT nie przewiduje dokonania zwrotu VAT w innej formie, aniżeli w przepisie art. 87 ust. 2. W konsekwencji organy podatkowe uznały, że nie jest możliwe otrzymanie zwrotu np. w gotówce, czy też na inny rachunek, który nie był wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym.

Niezadowolony z rozstrzygnięcia podatnik złożył skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.

Sąd uznał skargę podatnika za słuszną i uchylił decyzje organów podatkowych. W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że podatnik był uprawniony do otrzymania zwrotu VAT. Sąd podkreślił, że przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT celowo dopuszcza na drodze fikcji prawnej dalsze istnienie przedsiębiorcy na potrzeby zrealizowania określonego celu, jakim jest rozliczenie ostatniego miesiąca prowadzonej przez niego działalności. Przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT określa zdaniem WSA jedynie techniczny sposób przekazania nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i nie stanowi materialnoprawnej podstawy do zwrotu tego podatku. Przyjęcie odmiennego poglądu prowadziłoby do absurdalnej sytuacji, w której podatnik byłby zmuszony ponosić koszty utrzymania rachunku bankowego związane z prowadzeniem działalności gospodarczej, także po jej zakończeniu, jedynie z obawy, że zamknięcie tego rachunku narazi go na utratę prawa do zwrotu różnicy podatku.

Reasumując stwierdzić należy, że wykazany przez podatnika VAT zwrot różnicy podatku może nastąpić także na inny rachunek bankowy wskazany przez podatnika. Jeśli więc podatnik chce zlikwidować działalność, nie musi czekać na zwrot VAT, a dopiero potem zlikwidować działalność i zamknąć rachunek.

Warto też wspomnieć, że podobne do powyższego stanowisko zajął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 30 października 2006 r., sygn. akt III SA/Wa 1631/06.

Z powyższego wynika, że w razie gdy organy podatkowe odmawiają prawa do zwrotu VAT po likwidacji działalności i zamknięciu rachunku służącego tej działalności, warto powalczyć o korzystne rozstrzygnięcie powołując się w skardze do sądu administracyjnego także na orzeczenia sądowe wskazane powyżej.