Odpowiedź:
W przedstawionej w treści pytania sytuacji nie mają Państwo moim zdaniem prawa odmówić wystawienia duplikatów faktur.

Uzasadnienie:
Zgodnie z art. 106a ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) - dalej u.p.t.u., podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywane przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem.
Jak stanowi art. 106l ust. 1 pkt 1 u.p.t.u. w przypadku gdy faktura ulegnie zniszczeniu albo zaginie podatnik lub upoważniona przez niego do wystawiania faktur osoba trzecia, wystawia ponownie fakturę:
a) na wniosek nabywcy - zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu podatnika,
b) zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu nabywcy;
Faktura wystawiona ponownie powinna zawierać wyraz "DUPLIKAT" oraz datę jej wystawienia.(art. 106l ust. 2 u.p.t.u.).
Jak wynika zatem z powyższego przepisu w przypadku zniszczenia bądź zaginięcia faktury podatnik ma obowiązek wystawienia duplikatu faktury. Jak rozumiem kontrahent nie posiada przedmiotowych faktur.  W związku z czym w przedstawionej w treści pytania sytuacji nie mają Państwo moim zdaniem prawa odmówić wystawienia duplikatów faktur.
Jak wynika z przytoczonych regulacji, przepisy nie ograniczają w żaden sposób prawa do otrzymania od kontrahenta duplikatu faktury.  Rozpatrzenie  żądania kontrahenta w tym zakresie nie wymaga ustalania czy klient posiada fakturę pierwotną w jakiejkolwiek formie. Jeżeli klient zwraca się z takim żądaniem, należy domniemywać, że mimo, iż wcześniej faktura została prawidłowo doręczona, to teraz nie jest w stanie on jej odtworzyć (zgubił fakturę, zniszczył plik z zapisanym dokumentem itp.), dlatego też żądanie zawsze powinno zostać przez wystawcę faktury spełnione. Takie stanowisko prezentują także organy podatkowe (postanowienie Naczelnika Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie z dnia 13 października 2005 r., 1471/NTR1/443-357a/05/AS ).

Artur Kowalski, autor współpracuje z publikacją Vademecum Doradcy Podatkowego

Odpowiedzi udzielono: 14 marca 2016 r.