Za rozliczanie należności celnych i podatkowych dokonywanych przez przedsiębiorców, podatników, agencje celne i osoby fizyczne odpowiada Izba Celna w Krakowie. Centrum Rozliczeń mieści się w dwóch lokalizacjach - w Nowym Targu i w Krakowie i jest czynne od poniedziałku do piątku w godz. od 7:00 do 15:00. W tym samym czasie dostępna jest infolinia w zakresie rozliczeń -  nr (18) 261 31 00.

W Nowym Targu funkcjonują następujące komórki organizacyjne:

- Wydział Obsługi Klienta w Zakresie Rozliczeń, który realizuje zadania centralne związane z udzielaniem ogólnopolskiej informacji dla klientów w obszarze rozliczeń należności celnych, podatkowych i innych należności, których pobór należy do właściwości organów Służby Celnej,

- Wydział Rozliczeń Ceł i Podatków od Towarów Importowanych oraz Innych Dochodów,

- Wydział Rozliczeń Podatków Krajowych,

- Wydział Rachunkowości i Sprawozdawczości.

Natomiast w Krakowie zlokalizowany jest Wydział Rozliczeń Zabezpieczeń i Sum Depozytowych.