Ustawa ta najpierw (art. 11 ust. 3) stwierdza, że prezes Instytutu nie może należeć do partii politycznej, związku zawodowego ani prowadzić działalności publicznej niedającej się pogodzić z godnością jego urzędu. A następnie  (art. 11 ust. 6) stwierdza, że warunki te powinni też spełniać prokuratorzy i pracownicy Instytutu.

W ocenie Rzecznika Praw Obywatelskich taka regulacja jest niezgodna z Konstytucją, ponieważ:

- Wolność tworzenia i działania związków zawodowych należy do zasad ustrojowych (art. 12 Konstytucji).

- Konstytucja zapewnia wolność zrzeszania się w związkach zawodowych, organizacjach społeczno-zawodowych rolników oraz w organizacjach pracodawców (art. 59 ust. 1 Konstytucji).

- Zakres wolności zrzeszania się w związkach zawodowych i organizacjach pracodawców oraz innych wolności związkowych może podlegać tylko takim ograniczeniom ustawowym, jakie są dopuszczalne przez wiążące Rzeczpospolitą Polską umowy międzynarodowe (art. 59 ust. 4 Konstytucji)

Polecamy: RPO apeluje o wykonanie wyroku TK dot. zrzeszania się w związkach zawodowych

Prawo zrzeszania się (koalicji w sferze publicznej) jest powszechnie uznanym standardem i tylko w nielicznych przypadkach ustawodawca może wprowadzić odstępstwa od niego.

Tymczasem zakaz przynależności do związku zawodowego wynika w ustawie o IPN z samego faktu statusu pracownika lub prokuratora IPN. Tłumaczenie, że osoby te wykonują czynności wysoce poufne, nie jest do zaakceptowania. Przecież praca każdego prokuratora, urzędnika państwowego czy też pracownika służby cywilnej zawsze łączy się z poufnością. A jednak wszyscy oni mogą zrzeszać się w związkach zawodowych.

- Wyłączenie pracowników i prokuratorów IPN zostało co prawda uczynione w ustawie (spełnia więc wymóg formalny przewidziany w art. 31 ust. 3 Konstytucji RP), nie spełnia jednak wymogów materialnych.

- Nie ma związku między pozbawieniem tej kategorii pracowników wolności zrzeszania się a koniecznością ochrony takich wartości jak ochrona środowiska, zdrowie, moralność publiczna albo wolności i prawa innych osób.

Zobacz: Czy związek zawodowy może pozwać pracodawcę?

- Również klauzula bezpieczeństwa lub porządku publicznego – w ocenie Rzecznika Praw Obywatelskich nie uzasadniała w tym przypadku wykluczenia wskazanych podmiotów z korzystania z wolności zrzeszania się w związkach zawodowych.

- Ustawodawca, mając świadomość różnorodności zadań realizowanych przez IPN, nie podjął nawet próby oceny, w jakiej relacji do wolności związkowych pozostaje treść owych poszczególnych zadań wykonywanych przez pracowników i prokuratorów IPN.

Dlatego uznać należy, że wyłączenie to ma charakter arbitralny.

- Ponadto wyłączenie to przełamuje wynikający z art. 31 ust. 3 Konstytucji RP zakaz naruszania istoty konstytucyjnych wolności. Nie wprowadza ono bowiem ograniczeń w korzystaniu z wolności zrzeszania się w związkach zawodowych, lecz wyłącza ową wolność w stosunku do wszystkich prokuratorów i pracowników zatrudnionych w IPN.