Zgodnie z art. 400 ust. 3 i 4 p.o.ś., wojewódzkie fundusze ochrony środowiska i gospodarki wodnej, podobnie jak Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, prowadzą:
1) samodzielną gospodarkę finansową, pokrywając z posiadanych środków i uzyskiwanych wpływów wydatki na finansowanie zadań określonych w ustawie oraz kosztów działalności, a jednocześnie
2) gospodarkę finansową w sposób zapewniający pełne wykorzystanie środków pochodzących z Unii Europejskiej niepodlegających zwrotowi przeznaczonych na ochronę środowiska i gospodarkę wodną.
Przychody wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej
Zgodnie z art. 401 ust. 1 p.o.ś., przychodami funduszy są wpływy z opłat za korzystanie ze środowiska i administracyjnych kar pieniężnych pobieranych na podstawie p.o.ś., a także przepisów szczególnych, do których należą m.in. ustawa z dnia 11 maja 2001 r. o obowiązkach przedsiębiorców w zakresie gospodarowania niektórymi odpadami oraz o opłacie produktowej i opłacie depozytowej (tekst jedn.: Dz. U. z 2007 r. Nr 90, poz. 607 z późn. zm.), ustawa z dnia 18 lipca 2001 r. - Prawo wodne (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 239, poz. 2019 z późn. zm.), ustawa z dnia 3 lutego 1995 r. o ochronie gruntów rolnych i leśnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2004 r. Nr 121, poz. 1266 z późn. zm.) oraz ustawa z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. Nr 92, poz. 880 z późn. zm.).
Zgodnie z art. 401 ust. 12a p.o.ś., przychodami wojewódzkich funduszy są także wpływy z opłat, o których mowa ustawie z dnia 29 lipca 2005 r. o zużytym sprzęcie elektrycznym i elektronicznym (Dz. U. Nr 180, poz. 1495 z późn. zm.), wpływy z kar pieniężnych wymierzanych na podstawie tej ustawy, a także środki przekazane przez wprowadzających sprzęt na podstawie tej ustawy w wykonaniu obowiązku prowadzenia publicznych kampanii edukacyjnych.
Przychodami wojewódzkich funduszy, podobnie jak Narodowego Funduszu, mogą być także (art. 401 ust. 14, 14a oraz 15 p.oś.):
1. dobrowolne wpłaty, zapisy, darowizny, świadczenia rzeczowe i środki pochodzące z fundacji oraz wpływy z przedsięwzięć organizowanych na rzecz ochrony środowiska i gospodarki wodnej;
2. środki pochodzące z budżetu Unii Europejskiej oraz środki pochodzące ze źródeł zagranicznych, niepodlegające zwrotowi, inne niż środki pochodzące z budżetu Unii Europejskiej;
3. przychody z tytułu emisji obligacji własnych oraz inne przychody związane z działalnością tych funduszy.
W odniesieniu do powyższego warto zaznaczyć, iż zgodnie z orzecznictwem sądowym, jeżeli środki przeznaczone na rzecz funduszu ochrony środowiska i gospodarki wodnej są dotacją celową, to nie mogą stanowić dobrowolnej wpłaty w rozumieniu powyższych przepisów (Wyrok WSA w Opolu, z 17.09.2004, sygn. I SA/Op 126/04, LEX nr 141291).
Ponadto warto zaznaczyć, iż podobnie jak Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, wojewódzkie fundusze mogą zaciągać kredyty i pożyczki na podstawie art. 401 ust. 16 p.o.ś.
Należy podkreślić, iż jedynie część wpływów z tytułu opłat i kar stanowi przychód wojewódzkiego funduszu. Zgodnie bowiem z art. 402 ust. 2 p.o.ś., wojewódzki inspektor ochrony środowiska przed przekazaniem wpływów z kar na rachunki wojewódzkich funduszy, pomniejsza je o 20%, a kwotę uzyskaną z tytułu pomniejszenia przekazuje na dochody budżetu państwa. Ponadto, zgodnie z art. 402 ust. 4 p.o.ś., 20% wpływów z tytułu opłat i kar stanowi przychód gminnego funduszu ochrony środowiska i gospodarki wodnej, zaś 10% - przychód funduszu powiatowego. Z kolei, zgodnie z art. 402 ust. 6 p.o.ś., wpływy z tytułu opłat i kar za składowanie i magazynowanie odpadów stanowią w 50% przychód gminnego funduszu gminy, i w 10% przychód funduszu powiatowego, na których obszarze składowane są odpady. Jeżeli składowisko odpadów jest zlokalizowane na obszarze więcej niż jednej gminy, przychód podlega podziałowi proporcjonalnie do powierzchni zajmowanych przez składowisko na obszarze poszczególnych gmin. Dopiero po dokonaniu powyższego podziału, 65% pozostałej sumy przypada wojewódzkiemu funduszowi ochrony środowiska i gospodarki wodnej zgodnie z art. 402 ust. 7 p.o.ś.