Sprzeciw może wnieść przedsiębiorca:
1) wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności z naruszeniem przepisów:
• art. 79-79b u.s.d.g., tj. dotyczących zasad wszczynania kontroli,
• art. 80 ust. 1 i 2 u.s.d.g., tj. dotyczących obecności kontrolowanego,
• art. 82 ust. 1 u.s.d.g., tj. dotyczących zasad podejmowania więcej niż jednej kontroli, oraz

• art. 83 ust. 1 i 2 u.s.d.g., tj. dotyczących dopuszczalnego czasu trwania kontroli;

2) na piśmie do organu podejmującego i wykonującego kontrolę (o wniesieniu sprzeciwu przedsiębiorca zawiadamia na piśmie kontrolującego);

3) w terminie 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli przez organ kontroli (przedsiębiorca musi uzasadnić wniesienie sprzeciwu).
Wniesienie sprzeciwu powoduje wstrzymanie:
a) czynności kontrolnych przez organ kontroli, którego sprzeciw dotyczy, z chwilą doręczenia kontrolującemu zawiadomienia o wniesieniu sprzeciwu do czasu rozpatrzenia sprzeciwu, a w przypadku wniesienia zażalenia do czasu jego rozpatrzenia;
b) biegu czasu trwania kontroli od dnia wniesienia sprzeciwu do dnia doręczenia przedsiębiorcy postanowienia o rozpatrzeniu sprzeciwu, albo do 3. dnia od otrzymania przez organ sprzeciwu w razie jego nierozpatrzenia.
W przypadku wniesienia przez przedsiębiorcę:
1) zażalenia na postanowienie o rozpatrzeniu sprzeciwu, wstrzymanie biegu czasu trwania kontroli następuje do dnia doręczenia mu tego postanowienia, albo do 3. dnia od dnia otrzymania postanowienia w razie nierozpatrzenia zażalenia w terminie 7 dni od dnia jego wniesienia;
2) sprzeciwu organ kontroli może, w drodze postanowienia, dokonać zabezpieczenia dowodów mających związek z przedmiotem i zakresem kontroli, na czas rozpatrzenia sprzeciwu; zabezpieczeniu podlegają dokumenty, informacje, próbki wyrobów oraz inne nośniki informacji, jeżeli stanowią lub mogą stanowić dowód w toku kontroli. 
Organ kontrolny w terminie 3 dni roboczych od dnia otrzymania sprzeciwu, powinien rozpatrzeć sprzeciw oraz wydać postanowienie o:
• odstąpieniu od czynności kontrolnych,
• kontynuowaniu czynności kontrolnych; w tym przypadku organ kontrolujący może kontynuować czynności kontrolne od dnia, w którym postanowienie doręczono przedsiębiorcy, a w przypadku wniesienia zażalenia, od dnia doręczenia przedsiębiorcy postanowienia w sprawie rozstrzygnięcia zażalenia.
Uwaga!
Na postanowienie wydane przez organ kontroli przedsiębiorcy przysługuje zażalenie w terminie 3 dni od dnia otrzymania postanowienia. Rozstrzygnięcie zażalenia powinno nastąpić w drodze postanowienia, nie później niż w terminie 7 dni od dnia jego wniesienia.
Warto pamiętać, że nierozpatrzenie:
1) sprzeciwu w terminie 3 dni roboczych od dnia otrzymania, jest równoznaczne w skutkach z wydaniem przez organ właściwy postanowienia o odstąpienia od czynności kontrolnych,
2) zażalenia w terminie 3 dni od dnia otrzymania, jest równoznaczne w skutkach z wydaniem przez organ właściwy postanowienia uznającego słuszność wniesionego zażalenia.
Wniesienie sprzeciwu nie jest dopuszczalne, gdy organ przeprowadza kontrolę, jeśli przeprowadzenie tej kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia.
Wniesienie sprzeciwu nie jest też możliwe w przypadku szczególnych rodzajów działalności wymienionych w art. 84a u.s.d.g.