Decyzje w sprawie ustalenia lokalizacji inwestycji celu publicznego o znaczeniu krajowym lub wojewódzkim wydawane są natomiast przez wójta (burmistrza lub prezydenta miasta) w uzgodnieniu z marszałkiem województwa. Oznacza to, że wójt (burmistrz lub prezydenta miasta) może wydać wskazaną decyzję dopiero po uzgodnieniu jej treści z marszałkiem województwa. Zakres przedmiotowego uzgodnienia obejmuje projektowaną treść decyzji lokalizacyjnej, a dotyczy w szczególności warunków i zasad zagospodarowania terenu oraz jego zabudowy.

Brak akceptacji ze strony marszałka województwa powoduje, że wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego o znaczeniu krajowym lub wojewódzkim jest niedopuszczalne. Zaznaczenia wymaga zatem, że organ uzgadniający wydanie przedmiotowej decyzji lokalizacyjnej może nie zaakceptować jej treści wyłącznie wówczas, gdy jest ona sprzeczna ze wskazaną wprost regulacją prawną, pod rygorem uznania, że brak uzgodnienia jest bezpodstawny. Niedopuszczalne jest bowiem odmówienie wydania decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego, jeżeli planowane zamierzenie inwestycyjne jest zgodne z przepisami prawa. Możliwa jest także sytuacja, w której organ uzgadniający wydanie decyzji lokalizacyjnej zgłosi uwagi do jej treści. Wówczas dopuszczalne jest ustalenie lokalizacji inwestycji celu publicznego dopiero po dokonaniu - zgodnych ze stanowiskiem organu uzgadniającego - zmian w projektowanej treści decyzji. Zaznaczyć należy również, iż przedmiotowe rozstrzygnięcie marszałka województwa w sprawie uzgodnienia ustalenia lokalizacji inwestycji celu publicznego o znaczeniu krajowym lub wojewódzkim następuje w trybie art. 106 k.p.a., co oznacza, iż powinno ono przybrać formę postanowienia, na które przysługuje zażalenie.

Wyjątkiem od zasady ustalania lokalizacji inwestycji celu publicznego przez wójta (burmistrza lub prezydenta miasta) jest sytuacja, w której decyzja lokalizacyjna wydawana jest przez wojewodę. Wojewoda jest bowiem organem właściwym w sprawie ustalania lokalizacji inwestycji celu publicznego na terenach zamkniętych. Szerzej na ten temat pisze Katarzyna Małysa-Sulińska w książce „Administracyjnoprawne aspekty inwestycji budowlanych”.