Stosunkowo najwięcej zmian planowanych jest w zakresie planów gospodarki odpadami, zatwierdzania programów gospodarki odpadami, zamknięcia składowiska, przepisów karnych i kar.

Zgodnie z przedmiotowym projektem, powiatowe plany gospodarki odpadami mają przestać być opracowywane, a uchwalone dotąd gminne plany gospodarki odpadami zachowują moc tylko do dnia 31 grudnia 2012 r.

Sąsiadujące ze sobą gminy mają obowiązek utworzenia, nie później niż do dnia 31 grudnia 2010 r., związków międzygminnych celowych, tj. służących „prowadzeniu gospodarki odpadami komunalnymi i innymi powstającymi w obiektach użyteczności publicznej oraz komunalnymi osadami ściekowymi”. Przynależność do związków międzygminnych poszczególnych gmin ma określać wojewódzki plan gospodarki odpadami w formie regionów gospodarki odpadami komunalnymi. Regiony miałyby liczyć powyżej 150 tysięcy stałych mieszkańców. Związki międzygminne mogłyby tworzyć także gminy leżące w sąsiadujących województwach, pod warunkiem, że nadal spełniony byłby warunek, że związek międzygminny tworzą sąsiadujące ze sobą gminy. Gminy liczące powyżej 500 tysięcy stałych mieszkańców (np. Warszawa) miałyby zagwarantowaną ustawową „możliwość niewchodzenia w związki międzygminne, jeżeli w wojewódzkim planie gospodarki odpadami zostały one wskazane jako odrębne regiony gospodarki odpadami komunalnymi”. Plany gospodarki odpadami tworzone przez związki międzygminne nie otrzymują w projekcie nazwy planów międzygminnych - są to nadal gminne plany gospodarki odpadami.
W przypadku nieutworzenia związku międzygminnego jego zadania przejmuje marszałek województwa, obciążając kosztami realizacji zadań poszczególne gminy, proporcjonalnie do liczby ich mieszkańców.

Projekt w obecnym kształcie nie zawiera wyjaśnienia czy związek międzygminny powinny utworzyć wszystkie gminy wskazane w wojewódzkim planie gospodarki odpadami jako wchodzące w skład danego regionu,. Przepisy projektu nie wskazują też, czy utworzenie związku międzygminnego tylko przez część gmin może skutkować przejęciem zadań wszystkich gmin z danego regionu przez marszałka.