Zarówno starosta, który byłby właściwy do usunięcia drzew z działki gminnej, jak i wójt (burmistrz, prezydent miasta) właściwy do wydania zezwolenia w przypadku usuwania drzew z nieruchomości Skarbu Państwa powinni wyłączyć się ze sprawy i przekazać ją do Samorządowego Kolegium Odwoławczego celem rozpoznania sprawy lub wskazania innego równorzędnego organu do wydania zezwolenia na usunięcie drzew w związku z realizacją inwestycji drogowej. Należy jednak przyznać, że nie da się tu bezpośrednio zastosować art. 24 i 25 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jedn.: Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071, z późn. zm.) - dalej k.p.a., które dotyczą wyłączenia pracownika lub organu, a art. 24a k.p.a., który wskazywał konieczność wyłączenia organu gminy od udziału w sprawie, w której gmina była wnioskodawcą. Jednakże ustawodawca uchylił ten przepis uznając ww. regułę za niezasadną. Jednakże, w świetle orzecznictwa sądów administracyjnych, np. wyroku NSA z dnia 5 czerwca 2007 r., II OSK 879/06, LEX nr 345956, wyroku WSA w Warszawie z 20 czerwca 2006 r., VII SA/WA 276/06, LEX nr 214075, wystarczy samo uprawdopodobnienie istnienia okoliczności, które mogą wywoływać wątpliwości co do bezstronności pracownika piastującego funkcję organu, aby wyłączyć ten organ z postępowania. Ponadto, niedopuszczalne jest, aby organ był jednocześnie organem wydającym decyzję i podmiotem bezpośrednio zainteresowanym wycinką.

W mojej ocenie, przyjęcie, że organem właściwym mógłby być starosta (wnioskodawcą byłaby gmina) nie byłoby zasadne, gdyż we wniosku o wydanie zezwolenia na usunięcie drzew musiałby się podpisać właściciel nieruchomości – Skarb Państwa, którego reprezentantem jest starosta. Sama zgoda użytkownika – PKP – byłaby niewystarczająca, gdyż prawo użytkowania nieruchomości nie zmienia statusu gruntu. Z kolei wójt, reprezentujący gminę, jako jej organ wykonawczy, jako organ wydający decyzję, wydawałby niejako decyzję "sam dla siebie".

Uwagi:
Wyłączenie organu oznacza, że nie przestaje on być właściwy do załatwiania spraw należących do jego kompetencji, ale że nie może załatwić określonej, konkretnie oznaczonej sprawy, przy czym wyłączenie to może mieć miejsce w całym lub konkretnym stadium postępowania.

Alicja Brzezińska