1. Uwagi ogólne
Pozwolenia zintegrowane zostały wprowadzone do prawa wspólnotowego Dyrektywą Rady Nr 96/61/WE z dnia 24 września 1996 roku dotyczącą zintegrowanego zapobiegania zanieczyszczeniom i ich kontroli (Dz. Urz. UE L Nr 257, str. 26), zwaną także Dyrektywą IPPC (z ang. Integrated Pollution Prevention and Control). Do prawa polskiego przepisy Dyrektywy zostały implementowane ustawą z dnia 27 kwietnia 2001 roku - Prawo ochrony środowiska (Dz. U. Nr 25, poz. 150, z późn. zm.)- dalej p.o.ś. Istotą pozwolenia zintegrowanego jest to, iż w odniesieniu do instalacji przemysłowych zastępuje ono cząstkowe pozwolenia środowiskowe (tzw. pozwolenia sektorowe), obejmując swym zakresem wszystkie oddziaływania na środowisko określane w pozwoleniach cząstkowych oraz ich wzajemne powiązania. W przypadku posiadania pozwolenia zintegrowanego, żadne inne pozwolenia sektorowe (na wprowadzanie gazów i pyłów do powietrza, wprowadzanie ścieków do wód lub ziemi oraz wytwarzanie odpadów) nie są wymagane (art. 182 p.o.ś.).
Zgodnie z art. 201 ust. 1 p.o.ś., pozwolenia zintegrowanego wymaga prowadzenie instalacji, której funkcjonowanie, ze względu na rodzaj i skalę prowadzonej w niej działalności, może powodować znaczne zanieczyszczenie poszczególnych elementów przyrodniczych albo środowiska jako całości. Rodzaje instalacji mogących powodować znaczne zanieczyszczenie poszczególnych elementów przyrodniczych albo środowiska jako całości, określono w Rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 26 lipca 2002 roku w sprawie rodzajów instalacji mogących powodować znaczne zanieczyszczenie poszczególnych elementów przyrodniczych albo środowiska jako całości (Dz. U. Nr 122, poz. 1055)- dalej r.r.i.z.z. Rozporządzenie wskazuje około 30 rodzajów takich instalacji. W r.r.i.z.z. zostały uwzględnione w szczególności rodzaj i skala działalności prowadzonej w instalacjach.

2. Zakres pozwolenia zintegrowanego
Jeżeli p.o.ś. nie stanowi inaczej, w pozwoleniu zintegrowanym ustala się warunki emisji na zasadach określonych dla następujących pozwoleń: na wprowadzanie gazów lub pyłów do powietrza, wodnoprawnego na wprowadzanie ścieków do wód lub do ziemi, oraz na wytwarzanie odpadów (art. 202 ust. 1 p.o.ś.). Ponadto, w pozwoleniu zintegrowanym ustala się warunki pozwolenia wodnoprawnego na pobór wód (art. 202 ust. 1 p.o.ś.). W pozwoleniu zintegrowanym ustala się także dopuszczalną wielkość emisji gazów lub pyłów wprowadzanych do powietrza z instalacji, niezależnie od tego, czy wymagane byłoby dla niej, zgodnie z p.o.ś., uzyskanie pozwolenia na wprowadzanie gazów lub pyłów do powietrza. Ponadto, w pozwoleniu zintegrowanym określa się warunki wytwarzania i sposoby postępowania z odpadami na zasadach określonych w przepisach ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 o odpadach (Dz. U. z 2007 r. Nr 39, poz. 251, z późn. zm.)- dalej u.o., niezależnie od tego, czy dla instalacji wymagane byłoby, zgodnie z tymi przepisami, uzyskanie pozwolenia na wytwarzanie odpadów. Powyższe warunki mają charakter obligatoryjny, tj. muszą być zawarte we wszystkich pozwoleniach zintegrowanych. W przypadku pobierania wód wyłącznie na potrzeby instalacji wymagającej pozwolenia zintegrowanego, w pozwoleniu zintegrowanym ustala się także, na zasadach określonych w ustawie z dnia 18 lipca 2001 r. - Prawo wodne (Dz. U. Nr 239, poz. 2019, z późn. zm.), warunki poboru wód powierzchniowych lub podziemnych.

Ustawodawca uwzględniając złożoność pozwolenia zintegrowanego oraz postępowania w sprawie jego wydania uznał, że decyzja o udzieleniu pozwolenia zintegrowanego każdorazowo wymaga uzasadnienia. W przypadku udzielenia pozwolenia zintegrowanego, nie znajdują więc zastosowania wyjątki przewidziane przez k.p.a. (art. 107 § 4 k.p.a.), kiedy można odstąpić od uzasadnienia decyzji (art. 202 ust. 7 p.o.ś.).
Instalacje, których funkcjonowanie ze względu na rodzaj i skalę prowadzonej w nich działalności, może powodować znaczne zanieczyszczenie poszczególnych elementów przyrodniczych albo środowiska jako całości, położone na terenie jednego zakładu, obejmuje się jednym pozwoleniem zintegrowanym (art. 203 ust. 1 p.o.ś.). Takie rozwiązanie wynika stąd, że instytucja pozwoleń zintegrowanych została powołana do życia w celu umożliwienia podmiotom korzystającym ze środowiska funkcjonowania na podstawie jednego pozwolenia, które powinno w sposób kompleksowy uwzględniać oddziaływania konkretnej instalacji na środowisko. Należy również podkreślić, że na wniosek prowadzącego instalacje, odrębnymi pozwoleniami zintegrowanymi można objąć odrębne instalacje na terenie jednego zakładu (art. 203 ust. 2 p.o.ś.). Jest to wyjątek od generalnej zasady. Wniosek taki mogą uzasadniać na przykład plany podziału jednego zakładu na kilka mniejszych.
Ponadto, na podstawie art. 203 ust. 3 p.o.ś., na wniosek prowadzącego instalacje, pozwoleniem zintegrowanym można objąć instalacje niewymagające pozwolenia zintegrowanego położone na terenie tego samego zakładu, co instalacja wymagająca takiego pozwolenia, ustalając dla nich warunki wprowadzania do środowiska substancji lub energii na zasadach określonych dla pojedynczych (niezintegrowanych) pozwoleń, oraz pozwolenia wodnoprawnego na pobór wód.