Odpowiedź: faktura może zawierać kwoty wyrażone zarówno w euro, jak w zł (w przypadku VAT jest to obowiązek), jednak aby mówić o różnicach kursowych, przychód powinien być wyraźnie wyrażony w walucie obcej. W omawianym przypadku kwota "do zapłaty" powinna być w fakturze wyrażona w euro.
Warunkiem powstania różnic kursowych jest, aby zarówno należność, jak i zapłata były wyrażona w zł; w innym przypadku dochodzi do powstania nadpłaty lub niedopłaty.
Otrzymanie zapłaty w zł na konto walutowe spowodowało zapewne, iż bank dokonał przewalutowania otrzymanej wpłaty na euro - a w takim przypadku należy zaksięgować zarówno zapłatę należności (w zł), jak i zakup euro od banku.

Uzasadnienie: ustawy o podatkach dochodowych posługują się określeniem "przychody w walutach obcych" oraz "przychód należny wyrażony w walucie obcej". Podobnie art. 30 ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (tekst jedn.: Dz. U. z 2013 r. poz. 330 z późn. zm.) mówi o składnikach aktywów i operacjach gospodarczych "wyrażonych w walutach obcych". Jeżeli kwota "do zapłaty" zawarta w fakturze została wyrażona w walucie obcej, można moim zdaniem uznać, iż mamy do czynienia z przychodem wyrażonym w walucie obcej - a zatem przy rozliczaniu zapłaty powstaną różnice kursowe. Fakt, iż faktura jest "dwuwalutowa" - zawiera wyliczenie poszczególnych składników w zł - nie powoduje, iż nie mamy do czynienia z należnością (przychodem) wyrażonym w walucie. Szczegółowe zasady wystawiania faktur i dane, które powinny zawierać, określa rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 28 marca 2011 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 68, poz. 360 z późn. zm.), które w § 5 ust. 7 stanowi, że kwoty podatku wykazuje się w złotych bez względu na to, w jakiej walucie określona jest kwota należności w fakturze. Kwoty na fakturze mogą zatem (a w przypadku VAT nawet muszą) być wyrażone w dwu walutach: euro i zł. Decydująca powinna tu być umowa między podmiotami, która określa, w jakiej walucie dokonywana jest płatność.
Wątpliwości może budzić natomiast fakt, iż kwota w walucie jest zawarta w fakturze jedynie "w notatce". Podatnik naraża się w takim przypadku na ryzyko, iż faktura zostanie uznana za wystawioną w zł - a w takim przypadku przy otrzymaniu zapłaty nie powstaną różnice kursowe, lecz wystąpi nadpłata lub niedopłata.
Opisany sposób wystawienia faktury spowodował zapewne, iż tak samo uznał jeden z kontrahentów, dokonując zapłaty w zł. W tym przypadku nie ma mowy o powstaniu różnic kursowych. Jeśli otrzymana kwota różni się od kwoty należności wynikającej z faktury, różnica stanowi nadpłatę lub niedopłatę. Aby uniknąć ryzyka i wątpliwości, należy wyraźnie określić w fakturze, iż kwota "do zapłaty" to kwota w euro.
Otrzymanie od kontrahenta płatności w zł na konto walutowe spowodowało zapewne "przewalutowanie" tej kwoty przez bank - a zatem odkupienie złotówek i sprzedaż euro. W takim przypadku zapłatę za należność należy zaksięgować w kwocie wynikające z przelewu kontrahenta, zaś jako drugą operację zaksięgować zakup euro od banku (po faktycznie zastosowanym przez bank kursie).