Według projektu rozporządzenia wniosek składany jest przez jednostkę samorządu terytorialnego do dyrektora oddziału wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia w terminie do 1 września roku poprzedzającego rok rozpoczęcia realizacji programu (z wyłączeniem pierwszego roku obowiązywania regulacji – w 2017 roku wyznaczono termin na 1 lutego 2017 roku). Dyrektor rozpatruje wniosek w ciągu 2 miesięcy od dnia upływu terminu składania wniosków. W przypadku podjęcia decyzji pozytywnej, następuje dofinansowanie programu.
Jednostka samorządu terytorialnego, z którą zawarto umowę na dofinansowanie na realizację programu, musi wykorzystać otrzymane środki zgodnie z celem programu, w razie wykorzystania środków niezgodnie z ich przeznaczeniem jednostka samorządu terytorialnego będzie musiała zwrócić równowartość przekazanych środków wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, zwrot musi nastąpić w ciągu 15 dni od zakończenia realizacji programu profilaktyki zdrowotnej, nie później niż do 15 stycznia roku następującego po roku, w którym przekazano środki, albo w przypadku umowy wieloletniej po roku, w którym zakończono realizację umowy.
Nowe przepisy mają wejść w życie 1 stycznia 2017 roku. Projekt został przekazany do konsultacji społecznych.