Według nowych projektowanych przepisów podmiotami właściwymi do przechowywania, dystrybucji, wymiany i monitorowania stanów magazynowych szczepionek zakupionych przez ministra zdrowia są:

- na szczeblu centralnym – jednostka podległa ministrowi zdrowia (centralna Baza Rezerw Sanitarno-Przeciwepidemicznych w Porębach k. Zduńskiej Woli);

- na szczeblu regionalnym i lokalnym odpowiednio wojewódzkie stacje sanitarno-epidemiologiczne oraz powiatowe stacje sanitarno-epidemiologiczne.

Nowe przepisy określają także, co należy zrobić ze szczepionkami, co do których zachodzi ryzyko, że nie zostaną wykorzystane do prowadzenia obowiązkowych szczepień ochronnych ze względu na krótki termin przydatności. Szczepionki takie (za zgodą ministra zdrowia) będą przekazane na potrzeby wykonywania szczepień zalecanych w podmiotach sprawujących opiekę nad osobami niesamodzielnymi, niepełnosprawnymi, dziećmi lub osobami starszymi.

Ponadto nowe przepisy uprawniają państwowych powiatowych inspektorów sanitarnych do nakładania na świadczeniodawców kary pieniężnej w przypadku, gdy w wyniku kontroli zostaną stwierdzone nieprawidłowości w zakresie przechowywania szczepionek lub dysponowania nimi (dotyczy to szczepień przekazanych świadczeniodawcom w celu prowadzenia szczepień ochronnych).