Sprawa rozpatrywana przez NSA dotyczyła kobiety, która prowadziła prywatne przedszkole. Od 2010 r. dostawała na ten cel dotację od gminy, a oprócz tego uzyskiwała wpłaty od rodziców.

Prowadząc przedszkole, kobieta ponosiła wydatki na wyposażenie, pomoce dydaktyczne, zabawki, jedzenie, wynagrodzenie pracowników, opłaty za media i inne. Nie potrafiła ustalić, w jakiej części są one pokrywane z gminnej dotacji, a z jakiej z wpłat od rodziców i dlatego chciała zaliczać je do kosztów podatkowych według takiej samej proporcji, jak udział dotacji w całości przychodów z przedszkola.

Zakwestionowała to Izba Skarbowa w Warszawie. Stwierdziła, że skoro gminna dotacja jest zwolniona z podatku i przeznaczana bezpośrednio na pokrycie wydatków, to całą kwotę dotacji należy wyłączyć z kosztów podatkowych.

Kobieta zaskarżyła decyzję izby do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Podkreślała, że nie ma możliwości rozróżnienia, które wydatki pokrywane są z dotacji, a które z wpłat rodziców i dlatego w jej sytuacji rozliczanie proporcjonalne jest jak najbardziej słuszne.

WSA zgodził się z argumentami właścicielki przedszkola i uznał, że wydatki na przedszkole nie są finansowane bezpośrednio z dotacji, dlatego koszty podatkowe powinny być proporcjonalnie rozliczane w takim samym stosunku, w jakim pozostaje udział dotacji w całości przychodów z przedszkola.

Z wyrokiem WSA nie zgodziła się z kolei izba skarbowa. W piątek Naczelny Sąd Administracyjny uchylił orzeczenie sądu pierwszej instancji (sygn. II FSK 1848/11). Sąd uznał, że warszawska izba miała rację, nakazując właścicielce przedszkola wyłączenie z kosztów dokładnie takiej samej kwoty, ile wynosiła gminna dotacja.