W opinii Rady Legislacyjnej projektowane rozszerzenie uprawnień Żandarmerii Wojskowej w większości przypadków automatycznie rodzi problem kolizji z działalnością innych służb lub powielania ich kompetencji. W pierwszej kolejności kwestia ta dotyczy relacji z policją. Założenia do projektu ustawy zakładają rozszerzenie uprawnień Żandarmerii Wojskowej do wykonywania czynności operacyjno-rozpoznawczych w sprawach przestępstw o neutralnym dla wojska charakterze oraz stosowania podobnych narzędzi do zwalczania przestępczości, a także wnoszenia wniosków o ukaranie do sądu w sprawach o wykroczenia. W porównaniu z obecnym stanem prawnym projektowana liczba przestępstw z kodeksu karnego, dających Żandarmerii uprawnienie do prowadzenia czynności operacyjno-rozpoznawczych, obejmująca grupę nowych 29 przestępstw (łącznie 46 przestępstw), osiągnęła poziom porównywalny z liczbą przestępstw wymienionych w ustawie o policji.
Poza policją, problem nakładania się kompetencji występuje również w relacji do kilku innych organów. Zmiana, polegająca na dodaniu Żandarmerii nowego zadania, w postaci rozpoznawania i przeciwdziałania przestępstwom o charakterze terrorystycznym, może powodować konflikt kompetencyjny z Agencją Bezpieczeństwa Wewnętrznego. ABW jest bowiem organem ustawowo zobowiązanym w tych sprawach i realizującym te zadania poprzez wyodrębnione i wyspecjalizowane struktury wewnętrzne. Poza tym – w opinii Rady Legislacyjnej – w tego typu sprawach centralizacja obowiązków i odpowiedzialności jest pewniejszym czynnikiem skuteczności działania.
Według Rady Legislacyjnej żądanie zmiany Ordynacji podatkowej, polegającej na przyznaniu Żandarmerii Wojskowej uprawnienia do uzyskania informacji od organów podatkowych w celu realizacji zadania weryfikacji oświadczeń majątkowych żołnierzy zawodowych nie zostało poparte wszechstronną argumentacją.
Co wiecej nietrafne jest także rozszerzenie kompetencji Żandarmerii Wojskowej wobec cudzoziemców, tak aby jej właściwości podlegały wszystkie osoby przebywające na terenie Polskich Kontyngentów Wojskowych. Sąd jednak musi najpierw posiadać jurysdykcję, która oparta jest na prawie międzynarodowym. Cudzoziemcy znajdujący się na terenie Polskich Kontyngentów Wojskowych podlegają przede wszystkim prawu miejscowemu, natomiast prawu polskiemu tylko gdy wynika to z wiążącego RP prawa międzynarodowego - dodają eksperci.