Wszyscy przeniesieni sędziowie wykonują jednak swoją prace bez zakłóceń. Z analizy materiałów przekazanych przez prezesów sądów apelacyjnych wynika, iż przeprowadzona z dniem 1 stycznia 2013 r. reorganizacja sądów rejonowych nie spowodowała istotnych problemów w funkcjonowaniu jednostek sądowych objętych zmianami.
Nieliczne zgłoszone utrudnienia dotyczyły:
    - zwiększonego nakładu pracy sekretariatów wydziałów związanego z koniecznością przeniesienia spraw do nowych repertoriów, zwiększonego nakładu pracy sekretariatów pionu administracyjnego i finansowego związanego z przejęciem pracowników,
    - szybkiej komunikacji i wydłużenia czasu obiegu dokumentów między sądami znoszonym i przejmującym w zakresie administracji,
    - funkcjonowania systemów informatycznych jednostek znoszonej i przejmującej.

Podkreślenia wymaga, iż prezesi poinformowali, iż przedmiotowe utrudnienia występowały z chwilą przejmowania, jednakże proces ten został zakończony i obecnie praca przebiega w zdecydowanej większości sądów bez zakłóceń.
Wszystkie z wymienionych utrudnień zostały już wyeliminowane.
Z informacji posiadanych przez Ministerstwo Sprawiedliwości wynika ponadto, że w związku z przeprowadzoną reorganizacją odnotowano około 20 przypadków prowadzenia postępowań karnych od początku w 6 sądach rejonowych.
 
W ocenie Ministerstwa Sprawiedliwości sędziowie orzekający w sprawach karnych nie są zobligowani do prowadzenia spraw od początku wyłącznie z powodu reorganizacji sądów, o ile nie nastąpiła zmiana składu sądu (sędziego).  Zgodnie z art. 404 § 2 k. p. k. rozprawę odroczoną prowadzi się w nowym terminie od początku. Sąd może wyjątkowo prowadzić rozprawę odroczoną w dalszym ciągu, chyba że skład sądu uległ zmianie.
 
Ponadto przypominamy, że w związku z reorganizacją sądów rejonowych Minister Sprawiedliwości zdecydował  o przeniesieniu 545 sędziów na inne miejsce służbowe. 92 z tych sędziów złożyło do MS wniosek o przeniesienie w stan spoczynku. Wszystkie z dotychczas rozpatrzonych przez Ministra wniosków w tej sprawie zostało rozpatrzonych negatywnie. Jednocześnie 264 sędziów złożyło odwołanie do Sądu Najwyższego od decyzji MS o przeniesienie ich na inne miejsce służbowe.