Zwrot akcji w uldze na innowacyjnych pracowników. Nowe, rygorystyczne stanowisko KIS

Ostatnie miesiące przyniosły bardzo istotną i niekorzystną dla podatników zmianę w interpretacji przepisów dotyczących ulgi na innowacyjnych pracowników przez dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (KIS). Dotyczy ona kluczowej kwestii: czy o prawie do ulgi decyduje moment pobrania zaliczki z pensji pracownika, czy fizyczny termin jej wpłaty do urzędu skarbowego - pisze Iwona Makosz, prawnik w Kancelarii Adwokackiej Małgorzata Boguszewska i Wspólnicy.

Ulga na innowacyjnych pracowników (dalej: ulga IP) funkcjonuje w polskim systemie podatkowym od 2022 roku (w praktyce podatnicy korzystają z niej od roku 2023). Stanowi ona cenne wsparcie dla firm prowadzących działalność badawczo-rozwojową (B+R), które z różnych przyczyn nie mogą w pełni wykorzystać klasycznej ulgi B+R w danym roku.

Ostatnie miesiące przyniosły jednak bardzo istotną i niekorzystną dla podatników zmianę w interpretacji przepisów przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (KIS). Dotyczy ona kluczowej kwestii: czy o prawie do ulgi decyduje moment pobrania zaliczki z pensji pracownika, czy fizyczny termin jej wpłaty do urzędu skarbowego.

Szybkie przypomnienie: Dla kogo i na czym polega ulga IP

Zanim przejdziemy do rewolucji w interpretacjach, uporządkujmy podstawowe zasady.

Kto może skorzystać z ulgi IP? Ulga jest skierowana do przedsiębiorców, którzy spełniają łącznie poniższe warunki:

1. Korzystają z ulgi na działalność badawczo-rozwojową (ulga B+R).
2. W danym roku podatkowym ponieśli stratę lub wysokość ich dochodu nie pozwala na odliczenie kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R.
3. Są płatnikami podatku dochodowego od wynagrodzeń lub świadczeń swoich pracowników, zleceniobiorców lub wykonawców dzieł.

Ważne wyłączenia: Z ulgi IP nie mogą skorzystać m.in. firmy działające w Specjalnych Strefach Ekonomicznych (SSE) lub korzystające z decyzji o wsparciu w ramach Polskiej Strefy Inwestycji (PSI), zakłady pracy chronionej oraz podmioty korzystające z innych form zwrotu gotówkowego za stratę w pierwszym roku działalności.

Jaki jest mechanizm działania ulgi? Ulga IP pozwala płatnikowi (pracodawcy) nie odprowadzać do urzędu skarbowego zaliczek na podatek dochodowy (PIT) pobranych od wynagrodzeń osób bezpośrednio zaangażowanych w działalność B+R.

Warunkiem jest, aby czas pracy danego pracownika nad projektami B+R wynosił co najmniej 50 proc. jego ogólnego czasu pracy (lub czasu realizacji usługi) w danym miesiącu.

Co istotne, jak potwierdził Dyrektor KIS w interpretacji z 18 grudnia 2024 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.725.2024.1.MBD): Podmiot korzystający z ulgi na innowacyjnych pracowników nie jest zwolniony z samego obowiązku poboru zaliczki na podatek, lecz wyłącznie z obowiązku jej odprowadzenia na rachunek właściwego urzędu skarbowego.

Ewolucja interpretacji KIS: Od "momentu pobrania" do "momentu wpłaty"

Największe kontrowersje budzi okres, w którym podatnik może fizycznie pomniejszać zaliczki w trakcie roku podatkowego. Przepisy wskazują, że prawo to przysługuje „począwszy od miesiąca następującego po miesiącu, w którym podatnik złożył zeznanie roczne, do końca tego roku podatkowego”.

Wokół tego zapisu narosły dwa skrajnie odmienne stanowiska urzędników skarbowych.

W interpretacji z grudnia 2024 r. (nr 0111-KDIB1-3.4010.725.2024.1.MBD) fiskus wyraźnie oddziela pojęcie pobrania zaliczki z pensji pracownika od obowiązku jej odprowadzenia do urzędu skarbowego. To przygotowało grunt pod późniejszą zmianę wykładni.

W interpretacji z lutego 2025 r. (nr 0111-KDIB1-3.4010.54.2025.1.MBD) dyrektor KIS uznaje, że kluczowy jest moment pobrania zaliczki. Jeśli wynagrodzenie za listopad wypłacono w grudniu i wtedy pobrano zaliczkę PIT, podatnik miał prawo odliczyć ją w ramach ulgi w bieżącym roku. Fakt, że termin jej przelewu do US przypadał na styczeń kolejnego roku, nie stał na przeszkodzie.

Nagły zwrot akcji - nowe, niekorzystne stanowisko

W interpretacji z maja 2026 r. (nr 0111-KDIB1-3.4010.164.2026.2.MBD) dyrektor KIS diametralnie zmienia zdanie. Uznaje, że kluczowy jest termin przekazania (wpłaty) zaliczki do US, a nie jej pobrania. W konsekwencji grudniowe zaliczki (płatne w styczniu) wypadają z ulgi za dany rok podatkowy.

Dyrektor KIS rozstrzygał sprawę spółki, która chciała pomniejszyć zaliczki na PIT pobrane w grudniu (od wynagrodzeń należnych za ostatni miesiąc roku podatkowego), mimo że ustawowy termin ich wpłaty do urzędu skarbowego (zgodnie z art. 38 ustawy o PIT) przypadał na styczeń kolejnego roku. Stan faktyczny był analogiczny jak w liberalnej interpretacji z lutego 2025 roku.

Tym razem jednak Dyrektor KIS uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe, argumentując: „Należy zauważyć, że przepisy art. 18db updop nie odwołują się w swoim brzmieniu bezpośrednio do takich kategorii jak 'miesiąc, za który wynagrodzenie pracownika jest należne', czy też 'miesiąc, za który pobrano zaliczkę na podatek od pracownika'. (...) Kluczowy w tym aspekcie jest bowiem moment, w którym aktualizuje się obowiązek przekazania zaliczek na podatek PIT.”

W praktyce oznacza to, że grudzień jest ostatnim miesiącem, w którym można zastosować ulgę, ale wyłącznie do zaliczek, których ustawowy termin wpłaty do urzędu skarbowego również przypada na grudzień (czyli np. zaliczek pobranych w listopadzie).

Zmienił się także początek okresu rozliczeniowego. Jeżeli podatnik złoży deklarację CIT w marcu, to pierwszym miesiącem korzystania z ulgi jest kwiecień. Spółka może wtedy pomniejszyć zaliczki płatne do US w kwietniu (czyli te pobrane w marcu, za marzec).

Co to oznacza dla pracodawców w praktyce?

Nowa wykładnia KIS uderza przede wszystkim w podmioty, które wypłacają wynagrodzenia „z dołu” (np. do 10. dnia kolejnego miesiąca). Aby zobrazować konsekwencje tej zmiany, przeanalizujmy najpopularniejszy schemat rozliczeń na przełomie roku:

Krok w procesie	Stan faktyczny	Skutek według nowej interpretacji KIS (Maj 2026)
Miesiąc pracy	Listopad	Czas pracy innowacyjnego pracownika spełnia kryterium minimum 50 proc. zaangażowania w B+R.
Wypłata i pobranie zaliczki	Grudzień	Pracodawca fizycznie wypłaca pensję i potrąca zaliczkę na PIT.
Termin wpłaty do US	Styczeń (kolejnego roku)	Brak możliwości rozliczenia w uldze IP! Ponieważ termin wpłaty do US przypada na styczeń nowego roku, zaliczka ta nie może pomniejszyć rozliczenia za mijający rok podatkowy.

Podsumowanie

Dla przedsiębiorców korzystających z ulgi na innowacyjnych pracowników nastały trudniejsze czasy. Przesunięcie przez KIS środka ciężkości z momentu pobrania zaliczki na moment jej wpłaty do US oznacza, że podatnicy de facto tracą możliwość rozliczenia w uldze jednego pełnego miesiąca (zaliczek grudniowych płatnych w styczniu).

Wdrażając lub kontynuując ulgę IP w swojej firmie, należy bezwzględnie dostosować procedury księgowe do najnowszego stanowiska fiskusa, aby uniknąć powstania zaległości podatkowych i związanych z nimi odsetek.

Autor: Iwona Makosz, prawnik w Kancelarii Adwokackiej Małgorzata Boguszewska i Wspólnicy