Nowe przepisy wprowadzają zasadę domniemania niewinności w postępowaniu podatkowym, które rozpoczynane jest z urzędu. Niedające się usunąć wątpliwości dotyczące stanu faktycznego mają być rozstrzygane na korzyść podatnika. Chodzi o sytuacje, w których urząd skarbowy nie ma pewności, jakie były rzeczywiste okoliczności zdarzenia. Po zmianie prawa to urząd skarbowy będzie musiał udowodnić winę podatnika.

W ustawie zawarto trzy wyjątki od stosowania tej reguły. Chodzi o sytuację, kiedy: w postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób, przepisy prawa wymagają od strony wykazania określonych faktów, sprzeciwia się temu ważny interes publiczny - w tym istotny interes państwa.