1. Dokumentacja
Jednym z podstawowych obowiązków podatników VAT - obok prowadzenia ewidencji i składania deklaracji - jest dokumentowanie czynności będących przedmiotem opodatkowania. Przepis art. 106 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) - dalej u.p.t.u., wprowadza zasadę wystawiania faktur stwierdzających wykonanie tych czynności. Każda zaliczka, rata, przedpłata także podlega tej zasadzie. Z punktu widzenia rozliczeń sprzedawcy i nabywcy w VAT, faktura jest jednym z najistotniejszych dokumentów. Od prawidłowości jej wystawienia może zarówno zależeć powstanie obowiązku podatkowego, jak i prawo do odliczenia podatku naliczonego w tej fakturze. Szczegółowe zasady wystawiania faktur reguluje rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1337 z późn. zm.) – dalej r.p.t.u. Ponadto, kwestie tzw. e-faktur określa rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2010 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, także zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (Dz. U. Nr 249, poz. 1661).

1.1. Kto wystawia fakturę

Fakturę wystawiają podatnicy, o których mowa w art. 15 u.p.t.u., wykonujący czynności opodatkowane VAT. Fakturę może wystawić wyłącznie podmiot zarejestrowany jako podatnik VAT czynny i posiadający numer identyfikacji podatkowej (§ 4 r.p.t.u.). Podatnicy wykonujący wyłącznie czynności zwolnione od podatku albo zwolnieni ze względu na niskie obroty nie mogą wystawiać faktur. Wystawienie faktury przez podmiot zwolniony od VAT z naliczeniem w niej tego podatku, uniemożliwia jego odliczenie przez nabywcę; jest to faktura wystawiona przez podmiot nieuprawniony – patrz art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a u.p.t.u.
Warto także pamiętać, że w niektórych wypadkach wystawienie faktury przez podmiot do tego uprawniony nie daje prawa do odliczenia podatku. Dotyczy to faktur dokumentujących transakcje nie podlegające opodatkowaniu albo zwolnione od VAT (więcej o zakazie odliczenia podatku naliczonego – zob. niżej).

1.2. Faktura handlowa
W przypadku świadczenia usług budowlanych poza Polską (miejscem opodatkowania tych czynności jest miejsce położenia nieruchomości), jeżeli podatnicy nie są zidentyfikowani dla podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze - trzeba wystawić fakturę dokumentującą daną czynność nawet, jeśli podatnik jest zarejestrowany jako podatnik zwolniony. Faktura dokumentuje wówczas czynności niepodlegające opodatkowaniu w RP. Zgodnie z § 25 r.p.t.u. takie faktury nie zawierają danych dotyczących stawki i kwoty podatku oraz kwoty należności wraz z podatkiem. Kwoty podatku wykazuje się w złotych - bez względu na to, w jakiej walucie określona jest kwota należności na fakturze.

1.3. Adres
Sprzedawca musi podać na fakturze swój adres. Jednak często podatnik wykonuje swoją działalność pod adresem innym niż wskazany w ewidencji albo KRS, jako siedziba spółki. Trudno wówczas określić, który z adresów należy umieścić na fakturze - tym bardziej, że żadne przepisy nie precyzują, który adres: miejsca zamieszkania (siedziby) czy miejsca prowadzenia działalności, jest prawidłowy. Właściwość organu podatkowego ustala się wg. miejsca wykonywania czynności podlegających VAT (art. 3 u.p.t.u.). W rozliczeniach VAT istotne jest zatem miejsce prowadzenia działalności gospodarczej (wykonywanie czynności podlegających opodatkowaniu). Jedynie w sytuacji, gdy podatnik wykonuje czynności podlegające opodatkowaniu na terenie objętym zakresem działania dwóch lub więcej urzędów, właściwość miejscową ustala się ze względu na miejsce zamieszkania lub siedziby.
Faktura stwierdzająca dokonanie sprzedaży powinna zawierać m.in. imiona i nazwiska lub nazwy bądź nazwy skrócone sprzedawcy i nabywcy oraz ich adresy. Pod pojęciem adresu sprzedawcy należy rozumieć jego siedzibę (miejsce zamieszkania). Nie jest bowiem adresem sprzedawcy adres, pod którym wykonuje swoją działalność. Jednak podanie adresu stałego miejsca prowadzenia działalności, jeżeli miejsce to zostało podane w zgłoszeniu rejestracyjnym, nie jest błędem eliminującym taką fakturę z obrotu prawnego.
Jeżeli adres siedziby i adres prowadzenia działalności został zgłoszony właściwemu organowi podatkowemu, umieszczanie na fakturach VAT adresu siedziby lub adresu prowadzenia działalności nie powinno być kwestionowane. Jeżeli natomiast miejsc wykonywania działalności jest kilka, w treści faktury należy podać adres siedziby podatnika (dla osoby fizycznej adres zamieszkania), a nie adres prowadzenia działalności.
Adres wskazany na fakturze musi być zgodny z dokonanym zgłoszeniem rejestracyjnym dla podatku od towarów i usług.

1.4. Waluty obce
Kwoty wykazywane na fakturze mogą być podawane w walucie innej niż PLN. Zgodnie z art. 31a u.p.t.u. w przypadku, gdy kwoty stosowane do określenia podstawy opodatkowania są określone w walucie obcej, przeliczenia na złote dokonuje się według kursu średniego danej waluty obcej ogłoszonego przez Narodowy Bank Polski na ostatni dzień roboczy poprzedzający dzień powstania obowiązku podatkowego.