W przedmiotowej sprawie organ podatkowy ustalił, że faktury zaewidencjonowane w rejestrze sprzedaży firmy wystawiono na niższą wartość sprzedaży niż faktury przekazane przez firmę kontrahentom. Firma wystawiła bowiem fakturę proforma oraz fikcyjny dowód wpłaty KP na kwotę odpowiadającą 20 proc. wartości tej faktury. Celem wystawienia tych dokumentów było uzyskanie przez kontrahenta preferencyjnego kredytu, który pokrywał całą wartość zakupu, z pominięciem wymaganego umową kredytową wkładu własnego, który wynosił właśnie 20 proc. wartości zakupu.

Po otrzymaniu kredytu z banku, który w całości przelewany był na konto firmy wystawiane były dwie faktury: jedna odpowiadająca wysokości uzyskanej kwocie kredytu stanowiącej jednocześnie 80 proc. wartości kwoty z faktury proforma, która była ewidencjonowana w rejestrach sprzedaży i rozliczana podatkowo oraz druga, która odpowiadała kwocie z faktury proforma, i która nie była nigdzie rozliczana. Obie faktury wystawiane były tego samego dnia i miały te same numery, różniły się jedynie ceną sprzedaży. Fakturę na wyższą kwotę, równą kwocie z faktury proforma otrzymywał kontrahent, który przedkładał ją w banku w celu potwierdzenia nabycia sprzętu. Była to jedyna wystawiona przez firmę faktura wprowadzona do obrotu prawnego. Ponieważ podatnik zarówno w ewidencjach sprzedaży VAT, jak i w deklaracjach podatkowych dla tego podatku dokonał rozliczenia podatkowego faktur o niższej wartości brutto, wykazując prawidłowe kwoty podatku należnego, natomiast do obrotu prawnego wprowadził faktury o większej wartości, to zobowiązany jest, zdaniem organu podatkowego, do zapłaty różnicy pomiędzy kwotą podatku wynikającą z faktur wprowadzonych do obrotu, a rzeczywistą kwotą podatku należnego.

Ostatecznie, po przekazaniu przez NSA sprawy do ponownego rozpoznania, wyrok wydał WSA w Bydgoszczy. WSA potwierdził stanowisko organu podatkowego, że na gruncie prawa podatkowego skutki wywołuje wyłącznie faktura wprowadzona do obrotu prawnego, a zatem w przedmiotowej sprawie faktura wykazująca wyższą kwotę należności za towar i wyższy VAT. Wobec zaewidencjonowania i rozliczenia przez podatnika, VATu w kwocie niższej niż wykazana w fakturach przekazanych kontrahentom, różnica pomiędzy tymi dwiema wielkościami podlega opodatkowaniu na podstawie art. 108 ust. 2 ustawy o VAT. WSA na potwierdzenie tego stanowiska przywołał pogląd NSA, zgodnie, z którym o tym, kiedy sporządzony oryginał faktury należy uznać za wystawiony w ujęciu prawnym, będzie decydować czynność, którą faktura dokumentuje, oraz cel tego udokumentowania, a w konsekwencji to, czy jest to dokument skierowany do odbiorcy zewnętrznego, czy też dokument wewnętrzny. W sytuacji, gdy faktura dokumentuje czynność realizowaną na rzecz innego podmiotu, wystawienie faktury w sensie prawnym następuje z momentem wprowadzenia egzemplarza oryginału tej faktury do obrotu prawnego, czyli przekazania odbiorcy. Skoro nabywca posiadał fakturę, dokumentującą faktyczne nabycie określonej rzeczy, a w której podatek należny był określony w kwocie wyższej od tej, która została zaewidencjonowana i rozliczona przez podatnika, to organ podatkowy miał prawo uznać, że w sprawie znajdzie zastosowanie art. 108 ust. 2 ustawy o VAT.

Zdaniem sądu o zapłacie VAT wykazanego na fakturze decyduje więc istnienie ryzyka jakichkolwiek strat wpływów dla budżetu państwa, wynikającego z faktu, że podatek, który został wykazany na fakturze wprowadzonej do obrotu gospodarczego może być następnie odliczony przez jej odbiorcę. Art. 108 ustawy o VAT ma więc na celu zapobieganie oszustwom podatkowym i nakłada konieczność zapłaty podatku na podmioty, które wystawiły fikcyjną fakturę i działały w złej wierze.

Wyrok WSA w Bydgoszczy z 21 marca 2012 r., I SA/Bd 91/12