Dotychczasowa procedura składu celnego została 1 maja 2016 r. zastąpiona procedurą składowania celnego, zaś procedura przetwarzania pod kontrolą celną uległa likwidacji. W związku z tym w rozporządzeniu w sprawie zwolnień od podatku od towarów i usług oraz warunków stosowania tych zwolnień wprowadzona zostanie zmiana polegająca na wykreśleniu procedury przetwarzania pod kontrolą celną i zastąpieniu procedury składu celnego procedurą składowania celnego.

W celu zachowania ciągłości dotychczasowych rozwiązań w odniesieniu do importu towarów objętych - przed wejściem w życie tego rozporządzenia - procedurą składu celnego lub procedurą przetwarzania pod kontrolą celną, projektowane rozporządzenie zawiera przepis przejściowy, który wskazuje, że w takich sytuacjach zwolnienie importu tych towarów będzie nadal uzależnione od spełnienia warunku, że na podstawie przepisów celnych nie powstał obowiązek uiszczenia cła.