Najważniejsze zmiany wynikające z ustawy dotyczą zasad kontroli oraz samej struktury organów skarbowych. Znikają urzędy kontroli skarbowej oraz urzędy celne, a powstają nowe organy kumulujące dotychczasowe kompetencje tych dwóch organów – urzędy celno-skarbowe.

– Urzędy celno-skarbowe będą odpowiadać za kontrole, które były do tej przeprowadzane przez te dwa organy – powiedziała agencji eNewsroom.pl Małgorzata Sobońska-Szylińska, adwokat, partner w kancelarii Gekko Taxens – Istotna różnica w nowej procedurze kontroli wiąże się ze wszczęciem kontroli bez zapowiedzi. Urzędnik przyjdzie, pokaże upoważnienie do wszczęcia kontroli, po czym może ją natychmiast rozpocząć – podatnik nie ma możliwości się do niej przygotować.

Kolejną zmianą jest umożliwienie podatnikowi złożenia skorygowanego zeznania podatkowego już po wszczęciu kontroli, w ciągu pierwszych 14 dni. Prawo do skorygowania zeznania pojawi się po raz kolejny po zakończeniu kontroli, przy czym kontrola przeprowadzona według nowych zasad kończy się wynikiem kontroli (nie, jak dotychczas, protokołem). W wyniku kontroli organ opisuje zidentyfikowane przez siebie nieprawidłowości, a podatnik ma 14 dni na złożenie korekty deklaracji zeznania podatkowego. Brak złożenia takiej korekty będzie to oznaczał, że podatnik nie zgadza się z zarzutami kontrolujących. W takim przypadku postępowanie kontrolne przekształci się w zwykłe postępowanie podatkowe. Po przeprowadzeniu takiego postępowania urząd celno-skarbowy wydaje decyzje wskazującą zaniżenie podatku, a podatnik ma prawo do odwołania się od takiej decyzji. I tu pojawia się kolejna różnica w stosunku do dotychczasowego postępowania.

Podatnik składa odwołanie nie do organu wyższego stopnia, lecz do tego samego organu. Krytycy tego rozwiązania twierdzą, że jest ono sprzeczne z konstytucją, gdyż wypacza sens kontroli instancyjnej. Czy tak jest? Poczekamy na rozstrzygniecie Trybunału Konstytucyjnego. Z drugiej strony, spłaszczenie instancyjności paradoksalnie może przyczynić się do przyśpieszenia postępowania. Nie będzie ono w nieskończoność wydłużane poprzez kierowanie sprawy do organu pierwszej instancji w celu ponownego rozpoznania. Po powtórnym zbadaniu sprawy, urząd celno-skarbowy wydaje decyzję jako organ II instancji. Decyzja ta może być zaskarżona – jak to było do tej pory – do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego – powiedziała Sobońska-Szylińska.