Osoba fizyczna prowadząca działalność gospodarczą (jest podatnikiem VAT, rozlicza się podatkiem liniowym 19%, prowadzi księgi rachunkowe) będzie łączyć to przedsiębiorstwo ze spółką z o.o. (w której ma 95% udziałów).
Jakie będą skutki w PCC dla każdej ze stron w przypadku:
1) Sprzedaży firmy osoby fizycznej jako całości spółce z o.o.?
2) Wniesienia przedsiębiorstwa osoby fizycznej w formie aportu do spółki z o.o. w zamian za objęcie udziałów?
3) Połączenia spółki z o.o. z przedsiębiorstwem osoby fizycznej?

W przypadku działalności gospodarczej prowadzonej indywidualnie (na podstawie wpisu do ewidencji działalności gospodarczej) nie może być mowy o połączeniu ze spółka z o.o. Tym samym, w analizowanym przypadku w grę mogą wchodzić jedynie dwa pierwsze sposoby "scalenia" podmiotów. W obu takich przypadkach powstaje obowiązek PCC.
Stosowanie do art. 6 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) opodatkowaniu VAT nie podlegają transakcje zbycia przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa. W konsekwencji tego należy przyjąć, iż z całą pewnością nie ma tutaj zastosowania wyłączenie ukonstytuowane w art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2007 r. Nr 68, poz. 450 z późn. zm.) - dalej u.p.c.c., na podstawie którego PCC nie obciąża czynności opodatkowanych VAT.
Obie czynności, tak odpłatne zbycie przedsiębiorstwa spółce jak i wniesienie jej do spółki postaci aportu, podlegają opodatkowaniu PCC.
Zarówno umowa sprzedaży rzeczy i praw (czyli zbycie przedsiębiorstwa), jak i zmiana umowy spółki (czyli wniesienie aportem przedsiębiorstwa) zostały wymienione w, zamieszczonym w art. 1 ust. 1 pkt 1 u.p.c.c., katalogu czynności opodatkowanych PCC.
Doprecyzować należy, że w przypadku spółki kapitałowej za zmianę umowy spółki uznaje się podwyższenie kapitału zakładowego z wkładów lub ze środków spółki oraz dopłaty (art. 1 ust. 3 pkt 2 u.p.c.c.).

W obu przypadkach podatnikiem, na którym ciąży obowiązek zapłaty PCC, jest spółka. W przypadku nabycia przedsiębiorstwa spółka zapłaci podatek w wysokości 2% a przy zmianie umowy 0,5% podstawy opodatkowania. Na osobie fizycznej nie spoczywają żadne obowiązki w zakresie PCC.
Gdyby stron chciały uniknąć zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych musiałyby przeprowadzić transakcję nabycia poszczególnych składników majątku przedsiębiorstwa a nie całego przedsiębiorstwa. Ale wówczas zbycie poszczególnych składników majątku podlegałoby opodatkowaniu VAT.