Jak informuje w komunikacie na swojej stronie NFZ, tak, jak dotychczas fakturę wystawia się w Systemie Zarządzania Obiegiem Informacji (SZOI). Jedyna różnica polega na wygenerowaniu rachunku w postaci „e-faktury”. Trafi ona do NFZ bezpośrednio z SZOI.
W formie elektronicznej można przesłać zarówno rachunek, jego korektę, jak i załączniki (np. podstawę ubezpieczenia: skan Europejskiej Karty Ubezpieczenia Zdrowotnego, decyzji wójta lub burmistrza itd.).

Korzyścią ze stosowania takiej formy jest fakt, że e-fakturę można przesyłać przez 24 godziny na dobę, 7 dni w tygodniu, 365 dni w roku (także w święta). Nie wymaga ona posiadania podpisu elektronicznego. Nie ma potrzeby dostarczenia płatnikowi dokumentu papierowego.

Umowy zawierane z NFZ Mazowsze od stycznia 2014 roku posiadają zapis o możliwości sprawozdawania faktur w wersji elektronicznej. W razie jego braku NFZ zachęca świadczeniodawców do podpisania aneksu zawierającego stosowny zapis.