W rozporządzeniu zawarto przepisy dotyczące planów finansowych i informacji o prognozowanych przychodach i kosztach Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej oraz funduszy wojewódzkich. Projekt planu finansowego ma być sporządzany zgodnie z wzorem określonym w rozporządzeniu ministra finansów, w którym określony będzie tryb, sposób oraz terminy opracowywania materiałów do projektu ustawy budżetowej.
Roczne plany finansowe funduszy wojewódzkich mają być przekazywane do 30 listopada każdego roku. Wyjątkowo w przypadku roku bieżącego, roczne plany na rok 2011 powinny zostać przekazane do 7 stycznia 2011 r. Roczne sprawozdania finansowe NFOŚiGW i funduszy wojewódzkich będą badane przez podmiot uprawniony do badania sprawozdań finansowych.
Narodowy Fundusz oraz jego wojewódzkie odpowiedniki będą przekazywać ministrowi finansów sprawozdania z wykonania rocznych planów finansowych oraz - tylko w formie opisowej - przedstawiać wykonanie planowanych przychodów i kosztów.
Do rozporządzenia wpisano również wymóg przekazywania informacji dotyczących kosztów działalności Narodowego Funduszu i funduszy wojewódzkich oraz wyszczególniono pozycje stanowiące te koszty. Zgodnie z przepisami rozporządzenia, NFOŚiGW oraz fundusze wojewódzkie wypracowany zysk netto mają przeznaczać na fundusz statutowy oraz fundusz rezerwowy.
W rozporządzeniu określono reguły przekazywania przez Narodowy Fundusz i fundusze wojewódzkie środków do budżetu państwa na dofinansowanie zadań realizowanych przez państwowe jednostki budżetowe. Do tego celu ma być wykorzystana rezerwa celowa tworzona w budżecie państwa. Rezerwa celowa, tworzona corocznie w wysokości odpowiadającej kwocie środków przekazywanych przez NFOŚiGW i wojewódzkie fundusze, będzie przeznaczona na wydatki państwowych jednostek budżetowych związane z zadaniami z zakresu ochrony środowiska. Mechanizm ten będzie obowiązywać od 1 stycznia 2011 r. W bieżącym roku jednostki będą otrzymywać dofinansowanie na dotychczasowych zasadach, czyli bezpośrednio na swoje rachunki.