Papenburg jest miastem portowym położonym nad rzeką Ems w Dolnej Saksonii (Niemcy), w którym znajduje się stocznia. W celu umożliwienia żeglugi dużym statkom między stocznią a Morzem Północnym trzeba przeprowadzać pogłębianie rzeki Ems. W 1994 r. miasto Papenburg uzyskało zezwolenie na przeprowadzanie prac mających na celu pogłębienie tej rzeki. Zezwolenie to jest ostateczne i wynika z niego, że w przyszłości konieczne pogłębianie będzie uważane za dozwolone.  Komisja włączyła odcinki rzeki Ems znajdujące się w dole rzeki w stosunku do terenu należącego do miasta Papenburg do projektu wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty oraz zwróciła się do Niemiec z prośbą o udzielenie w tym względzie zgody.

Miasto Papenburg wniosło skargę do Verwaltungsgericht Oldenburg (sąd administracyjny miasta Oldenburg), domagając się uniemożliwienia Niemcom wydania zgody oraz zapewnienia, że pogłębianie konieczne w celu utrzymania żeglowności rzeki Ems nie będzie podlegało w przyszłości za każdym razem ocenie oddziaływania w rozumieniu dyrektywy.  Sąd niemiecki zwrócił się do Trybunału o wyjaśnienie, w jakich okolicznościach państwo członkowskie może odmówić udzielenia zgody na projekt wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty. Sąd ten zmierza także do ustalenia, czy bieżące prace pogłębiania planowane w Ems, na które władze niemieckie udzieliły zezwolenia przed upływem terminu transpozycji dyrektywy, muszą być poddane przewidzianej w niej ocenie.

1 Dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory (Dz.U. L 206, s. 7), zmieniona dyrektywą Rady 2006/105/WE z dnia 20 listopada 2006 r. (Dz.U. L 363, s. 368). Trybunał stwierdził po pierwsze, że kryteria oceny znaczenia danego terenu dla Wspólnoty zostały określone w odniesieniu do celu, jakim jest ochrona siedlisk przyrodniczych lub dzikiej fauny i flory, wymienionych w dyrektywie, jak również celu spójności Natury 2000. Cele te dotyczą zatem ochrony środowiska naturalnego.  W konsekwencji państwa członkowskie mogą odmówić udzielenia zgody na włączenie terenu do wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty sporządzonego przez Komisję tylko ze względów dotyczących ochrony środowiska naturalnego. Kryteria gospodarcze, społeczne i kulturowe oraz cechy regionalne i lokalne nie mogą stanowić podstaw do udzielenia takiej odmowy.

Następnie Trybunał wskazał, że okoliczność, iż na prace pogłębiania rzeki Ems udzielono zezwolenia zgodnie z prawem niemieckim przed upływem terminu transpozycji dyrektywy, nie stanowi jako taka przeszkody, aby prace te traktować w przypadku każdej interwencji w kanale żeglugowym jako odrębne przedsięwzięcia. W tym przypadku każde z tych przedsięwzięć, o ile może oddziaływać na dany teren w znaczący sposób, powinno zostać poddane ocenie oddziaływania zgodnie z dyrektywą.  Jednakże, jeżeli ze względu w szczególności na powtarzalność, charakter i wymogi wykonywania danych prac mogą one być traktowane jako jedna operacja, gdy mają przede wszystkim na celu utrzymanie określonej głębokości kanału żeglugowego przy pomocy regularnych i koniecznych do tego celu prac pogłębiania, prace te mogą być uznane za jedno i to samo przedsięwzięcie w rozumieniu dyrektywy. W tym przypadku takie przedsięwzięcie, na które wydano zgodę przed dniem, w którym upływał termin do transpozycji dyrektywy, nie byłoby objęte uprzednią oceną oddziaływania przedsięwzięcia na dany teren.

Niemniej jednak, jeżeli dany teren zostanie umieszczony w wykazie terenów mających znaczenie dla Wspólnoty sporządzony przez Komisję, wykonanie każdej operacji w ramach prac będzie podlegało ogólnemu obowiązkowi ochrony wynikającemu z dyrektywy, polegającemu na unikaniu pogorszenia stanu siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków, jak również unikania istotnego niepokojenia gatunków, dla których zostały wyznaczone takie obszary.
Wreszcie Trybunał uściślił, iż z chwilą gdy teren jest już umieszczony w wykazie krajowym przekazanym Komisji w celu włączenia go do wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty, nie powinien podlegać interwencjom, które mogłyby poważnie zagrozić jego ekologicznemu charakterowi.

UWAGA: Odesłanie prejudycjalne pozwala sądom państw członkowskich, w ramach rozpatrywanego przez nie sporu, zwrócić się do Trybunału z pytaniem o wykładnię prawa Unii lub o ocenę ważności aktu Unii. Trybunał nie rozpoznaje sporu krajowego. Do sądu krajowego należy rozstrzygnięcie sprawy zgodnie z orzeczeniem Trybunału. Orzeczenie to wiąże w ten sam sposób inne sądy krajowe, które spotkają się z podobnym problemem.