Sprawa dotyczyła Niepublicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej, utworzonego przez szpital powiatowy w Jarocinie. NZOZ został wyodrębniony ze szpitala, miał własny majątek, a jego dochody były przeznaczane wyłącznie na świadczenie usług medycznych.

Spór z izbą skarbową toczył się o to, czy NZOZ jest podatnikiem odrębnym od szpitala i czy w związku z tym może być zwolniony z podatku dochodowego od świadczonych przez siebie usług medycznych. Gdyby okazało się, że nie jest odrębnym podmiotem, to musiałby - podobnie jak szpital działający w formie spółki z o.o. - płacić podatek.

Szpital twierdził, że utworzony przez niego NZOZ jest odrębną jednostką, bo działa niezależnie od szpitala, ma własny majątek, a jego dochody są przeznaczane wyłącznie na świadczenie usług medycznych. Jednocześnie - jako podmiot nieposiadający osobowości prawnej - ma prawo do zwolnienia z podatku wynikającego z art. 17 ust. 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Izba skarbowa w Poznaniu była innego zdania. Stwierdziła, że skoro NZOZ został utworzony w ramach działalności szpitala, nie został zarejestrowany w Krajowym Rejestrze Sądowym i nie ma majątku własnego, to nie może być uznany za podatnika, a w konsekwencji nie ma prawa do zwolnienia z podatku od wykonywanych usług medycznych.

Sprawa trafiła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu. Sąd uznał, że wydana przez izbę interpretacja była błędna, bo utworzony przez szpital NZOZ jest - jako jednostka nieposiadająca osobowości prawnej - odrębnym podatnikiem CIT, a skoro jego zadaniem jest wykonywanie usług medycznych, to w tym zakresie będzie on zwolniony od podatku. WSA dodał także, że NZOZ musi składać odrębne zeznania podatkowe dotyczące jego dochodu.

Wyrok ten zaskarżyła z kolei izba skarbowa. W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego izba podtrzymała swoje stanowisko, że nie można uznać utworzonego przez szpital NZOZ za płatnika podatku CIT, a tym samym nie będzie mu przysługiwało zwolnienie od podatku.

W piątek NSA oddalił skargę kasacyjną izby, stwierdzając, że NZOZ jest - jako jednostka nieposiadająca osobowości prawnej - podatnikiem CIT i ma prawo do zwolnienia z podatku (sygn. II FSK 1770/11) .

NSA powołał się na swoje wcześniejsze orzeczenia w podobnych sprawach (sygn. II FSK 978/07).