Jej założyciel, uważany za ojca polskiej pediatrii profesor Maciej Leon Jakubowski sformułował wówczas misję szpitala, która jest realizowana do dziś: "Walczymy o życie, zdrowie i uśmiech dziecka". 

Z okazji jubileuszu od 2 do 4 września 2016 roku szpital zorganizował konferencję naukową, mającą na celu zaprezentowanie zgromadzonego doświadczenia oraz przedstawienie postępu, jaki dokonał się w pediatrii, a także galę jubileuszową oraz piknik rodzinny w Parku Strzeleckim. 

Powstanie pierwszego w Krakowie szpitala dziecięcego miasto zawdzięcza staraniom profesora dr med. Jakubowskiego (1837-1915), współzałożyciela i wielokrotnego prezesa Krakowskiego Towarzystwa Lekarskiego, pierwszego prezydenta Zachodnio-Galicyjskiej Izby Lekarskiej, honorowego obywatela i radnego miasta Krakowa, rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego, pierwszego w Polsce profesora pediatrii, kierownika pierwszej na ziemiach polskich (1864), a po Florencji (1802) i Wiedniu (1850) trzeciej na świecie Katedry Pediatrii i kierownika pierwszej polskiej Kliniki Dziecięcej. 

Na podzielonych wówczas zaborami ziemiach polskich, szpital był trzecią z rzędu placówką zamkniętego lecznictwa dziecięcego (Szpital Dziecięcy im. św. Zofii we Lwowie 1845, Szpital im. M. Kopernika w Warszawie 1869). 

Fundusze na budowę i urządzenie szpitala zgromadziło założone w 1872 roku przez profesora Jakubowskiego i Marcelinę z Radziwiłłów Czartoryską Towarzystwo Opieki Szpitalnej dla Dzieci w Krakowie. W myśl postanowień pierwszych założycieli i fundatorów, placówka po wieczne czasy winna służyć leczeniu i pielęgnowaniu chorych dzieci, nosząc nazwę "Szpital św. Ludwika dla dzieci w Krakowie". 

Uroczyste otwarcie szpitala, składającego się z pawilonu na 72 łóżka, odbyło się 1 maja 1876 roku. Bramy szpitala stanęły otworem dla najbardziej potrzebujących pomocy lekarskiej dzieci proletariatu i gminu. W czasach tzw. nędzy galicyjskiej te właśnie dzieci chorowały najczęściej i najciężej. 

Wkrótce szpital okazał się za mały w stosunku do potrzeb. W latach 1881 i 1882 dobudowano drugi pawilon dla zakaźnie chorych, a oba połączono zamkniętą galerią. Liczba łóżek wzrosła do stu. W 1889 roku utworzono oddział dla noworodków i niemowląt na 20 miejsc. Po zakończeniu rozbudowy, szpital liczył 120 łóżek, w tym 24 zajmowała Uniwersytecka Klinika Dziecięca, przeniesiona tu w 1876 roku ze Szpitala św. Łazarza. Z kolei w 1890 roku zbudowano przychodnię dla dzieci, a w 1896 osobny pawilon gospodarczy, obejmujący kuchnię i pralnię. 

Szpital św. Ludwika był na miarę epoki placówką wzorcową, zarówno w sensie poziomu usług diagnostyczno-leczniczych, jak i w aspekcie działalności naukowej i dydaktycznej. Posiadał 5 oddziałów: niemowlęcy, zakaźny, rezerwowy (dla gruźlicy), oddział Kliniki Dziecięcej i chirurgiczny z własną salą operacyjną. 

W ciągu pierwszych 25 lat jego istnienia przyjęto do leczenia stacjonarnego 24 tysiące 210 dzieci, a w przychodni udzielono ponad 88 tysięcy porad. Kraków w latach 1876-1890 liczył od 60 tysięcy do 80 tysięcy mieszkańców. 

Skupiając w jednym ręku kierownictwo szpitala i kliniki dziecięcej Jakubowski stworzył placówkę, która stała się kolebką polskiej pediatrii. Tu szkolili się w powstającej dopiero dyscyplinie nie tylko lekarze z Galicji, ale i z terenu innych zaborów, także z zagranicy. 

Dzieje szpitalne splatały się od początku z dziejami kliniki. Obie placówki działały na przestrzeni 90 lat w murach jedynego w Krakowie szpitala dziecięcego. W 1966 roku I i II Klinika Dziecięca przeniosły się do nowo wybudowanego Instytutu Pediatrii w Krakowie-Prokocimiu. 

Na przestrzeni lat, mimo różnych przekształceń i reorganizacji, szpital św. Ludwika przykładał wagę do jakości usług i wysokich kompetencji personelu, czemu służyły między innymi zagraniczne staże i szkolenia. Rozwojowi szpitala sprzyjała także założona w 1992 roku przez 24 zatrudnionych tam lekarzy Fundacja "Zdrowie Dziecka", która okazała się ważnym źródłem w zdobywaniu środków na rzecz szpitala. Fundacja była inspiratorem i organizatorem charytatywnych imprez, przynoszących wymierne korzyści dla szpitala. Duże wsparcie ekonomiczne, niezależnie od organizowanych wyjazdów szkoleniowych, stanowił także polsko-brytyjski Komitet Miast Siostrzanych Kraków-Rochester. 

Jak podkreśla dyrekcja, "personel szpitala sprawdzał się w wielu trudnych okresach. Niezależnie od warunków rynkowych, nigdy nie odstąpił od swoich obowiązków, nie dał nawet odczuć, że może wystąpić jakiekolwiek załamanie opieki nad pacjentem". 

- Najbardziej jestem dumny z zespołu i jego zaangażowania, bez którego nie byłoby szpitala – mówił w rozmowie z portalem krknews dyrektor szpitala Stanisław Stępniewski. - Każdy kontakt dziecka ze szpitalem to jest trauma. Żeby to złagodzić i wypełnić czas, który nie jest wykorzystywany na leczenie i diagnostykę, organizujemy spotkania, robimy zajęcia dogoterapii itd. Staramy się zapełnić dzieciom czas, dajemy szansę, aby były w kontakcie ze sztuką, z naturą, z jedzeniem, z normalnym życiem – podkreślił dyrektor. 

Obecnie szpital jest nowoczesną placówką skupiającą wielu wysokiej klasy specjalistów różnych dziedzin, co pozwala na kompleksowe zajmowanie się trudnymi diagnostycznie przypadkami z zakresu neurologii, psychiatrii, reumatologii, pulmonologii, alergologii, gastrologii, endokrynologii, a także ogólnej pediatrii.
- Nie chcemy być wysokospecjalistycznym szpitalem i przeszczepiać serca, bo to nie jest nasza funkcja i od tego jest szpital w Prokocimiu. Chcemy być usługowi dla tej najszerszej części dziecięcego społeczeństwa – mówił dyrektor Stępniewski. 

Dzieci hospitalizowane kontynuują leczenie w przyszpitalnych poradniach specjalistycznych. Mali pacjenci leczą się także w ramach podstawowej opieki zdrowotnej. (pap)