Nowa siedziba Szpitala Uniwersyteckiego powstaje jako wieloletni program rządowy o szacunkowej wartości 1,23 mld zł. Dofinansowanie z budżetu państwa ma wynieść 800 mln zł, a środki własne inwestora - 430 mln zł. Dodatkowo Zarząd Województwa Małopolskiego zadeklarował przeznaczenie z regionalnego programu operacyjnego 60 mln euro na doposażenie szpitala). Przebudowa Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie to również wieloletni program rządowy, a wartość kosztorysowa inwestycji to 201,3 mln zł.

Kontrakt Terytorialny jest nowym instrumentem uzgadniania przedsięwzięć między rządem a samorządem województwa. Dzięki niemu możliwe będzie skoncentrowanie środków finansowych na najważniejszych dla Małopolski zadaniach rozwojowych. Kontrakt, który zawiera wspólnie uzgodnione cele rozwoju dotyczące regionu, przedsięwzięcia priorytetowe oraz sposób ich koordynacji jest wzajemnym zobowiązaniem strony rządowej i samorządowej.

Ustalenia poczynione w toku negocjacji kontraktu znajdą swoje odzwierciedlenie w zapisach poszczególnych programów operacyjnych - zarówno krajowych, jak i regionalnego, które stanowić będą źródła finansowania uzgodnionych przedsięwzięć.

W trakcie pierwszej rundy negocjacji dotyczących. Kontraktu Terytorialnego, która odbyła się w drugiej połowie września 2014, strona rządowa i zarząd województwa małopolskiego uzgodniły przede wszystkim przedsięwzięcia z zakresu infrastruktury transportowej i ochrony zdrowia. Na liście podstawowej znalazły się inwestycje o łącznej wartości około 24 mld zł. W odniesieniu do tych zadań zostały już ustalone warunki ich realizacji, w tym źródła finansowania. Wśród nich są dwie inwestycje związane ze szpitalami uniwersyteckimi.