Przyznanie szpitalowi certyfikatów potwierdza, że system zarządzania jakością w tej placówce pomyślnie przeszedł audyt zgodności z wymaganiami normy, która określa najlepsze praktyki oraz uruchamia mechanizmy umożliwiające ciągłe doskonalenie. Polega to  na opracowaniu i zastosowaniu procedur systemowych i operacyjnych, które regulują poszczególne obszary działalności  szpitala.

Szpital Bonifratrów w Krakowie jest interdyscyplinarnym ośrodkiem, zajmującym się leczeniem zachowawczym i operacyjnym, udzielaniem porad ambulatoryjnych oraz wysokospecjalistyczną diagnostyką. Usługi realizuje zarówno w ramach kontraktu z NFZ, jak i odpłatnie. Kontrakt placówki z Narodowym Funduszem Zdrowia na rok 2012 ma wartość ponad 33 mln zł i dotyczy leczenia szpitalnego, na które przeznaczone jest 29,5 mln zł, oraz ambulatoryjnej opieki specjalistycznej.

Placówka jest jednym z 4 bonifraterskich szpitali działających w Polsce. Pozostałe zlokalizowane są w Katowicach, Łodzi oraz w Piaskach-Marysinie. Zakon prowadzi też Zespół Poradni i Lecznictwa w Warszawie. W Europie Zakon Bonifratrów prowadzi kilkadziesiąt placówek medycznych, których tradycje sięgają XVII wieku.