Według pierwotnej wersji założeń do nowelizacji Karty Nauczyciela organ nadzoru pedagogicznego nie byłby powoływany w skład komisji kwalifikacyjnych i egzaminacyjnych decydujących o przyznaniu nauczycielowi mianowanemu stopnia nauczyciela dyplomowanego (mógłby uczestniczyć w obradach w charakterze obserwatora). Powodem takiej zmiany miało być zwiększenie wpływu organu prowadzącego na wynik procedury.
Pomysł skrytykowało Ministerstwo Sprawiedliwości. W uwagach do projektu podkreśliło, że taka zmiana pozbawi organ nadzoru wpływu na decyzję komisji. MEN uwzględnił tę uwagę i zapewnił, że rola organu nadzoru w składzie komisji nie ulegnie zmianie.
Resort sprawiedliwości zauważył także, że w założeniach do Karty Nauczyciela dotyczących zmian w postępowaniu dyscyplinarnym nauczycieli nie sprecyzowano, w jaki sposób szkoły będą zdobywać informacje na temat ewentualnego postępowania karnego toczącego się przeciwko pedagogowi. MS proponuje, by w Karcie znalazły się zapisy dotyczące skutków złożenia nieprawdziwego oświadczenia dla ważności umowy o pracę (w tym także dodanie zapisu umożliwiającego stwierdzenie nieważności umowy o pracę nawet w sytuacji, gdy nauczyciel został przyłapany na kłamstwie po tym jak pracował przez pewien okres). MEN zapewnia, że takie rozwiązania już istnieją, a nowelizacja Karty rozszerzy je na nauczycieli szkół niepublicznych.