Danych zgromadzonych w nowym SIO nie da się poprawnie zweryfikować i dokonywanie na ich podstawie podziału subwencji oświatowej niesie ze sobą duże ryzyko. Dlatego MEN chce, by stary system informacji oświatowej funkcjonował przez kolejne trzy lata (działałby do 1 marca 2017 r.). Według resortu okres ten wystarczy na wprowadzenie niezbędnych poprawek, porównanie danych ze zgromadzonymi w starym SIO oraz przeprowadzenie symulacji podziału subwencji oświatowej. Zmianie ulec ma także sama procedura weryfikacji danych uczniów i nauczycieli.

Resort finansów pozytywnie ocenia zmiany w SIO, wskazuje jednak na konieczność doprecyzowania przepisów. Według MF ustawa w zaproponowanym przez MEN kształcie nie uwzględnia w wystarczającym stopniu postępowań dotyczących zwrotu nienależnie pobranej subwencji oświatowej. Chodzi o art. 130 ust. 3 ustawy o systemie informacji oświatowej, który - w powiązaniu z ustawą o dochodach jednostek samorządu terytorialnego - obciąża samorządy odpowiedzialnością za błędnie wyliczoną subwencję. Ministerstwo zwraca uwagę, że w 2014 r. wciąż będą trwały postępowania dotyczące nienależnie pobranej subwencji za 2009 r., co powinien uwzględnić MEN w nowelizacji (obecnie w projekcie mowa jest o błędnych danych za lata 2010-2016).