Nową organizację MEN określa zarządzenie Nr 5 Prezesa Rady Ministrów z dnia 30 stycznia 2013 r. w sprawie nadania statutu Ministerstwu Edukacji Narodowej (M.P. poz. 48), zastąpi ono obowiązujące dotychczas zarządzenie z 2009 r. Od 8 lutego 2013 r. w skład MEN wchodzić będą:
- Departament Analiz i Prognoz; 
- Departament Ekonomiczny;
- Departament Funduszy Strukturalnych;
- Departament Informacji i Promocji;
- Departament Jakości Edukacji;
- Departament Kształcenia Ogólnego i Wychowania;
- Departament Kształcenia Zawodowego i Ustawicznego;
- Departament Prawny;
- Departament Strategii i Współpracy Międzynarodowej;
- Departament Współpracy z Samorządem Terytorialnym;
- Departament Zwiększania Szans Edukacyjnych;
- Biuro Administracyjne;
- Biuro Kadr i Szkolenia;
- Biuro Kontroli i Audytu;
- Biuro Organizacyjne.