Organami Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej będą Dyrektor i Rada. Dyrektorowi powierzone zostaną zadania o charakterze zarządczym i wykonawczym, natomiast Radzie – zadania opiniodawczo-doradcze.
W ramach programów służących realizacji zadań Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej, Agencja będzie mogła przyznawać środki finansowe m.in.: studentom i doktorantom, uczestnikom kursów przygotowawczych do podjęcia nauki w języku polskim, pracownikom uczelni lub pracownikom jednostek naukowych.
Ustawa wchodzi w życie z dniem 1 października 2017 r. z wyjątkiem przepisów przewidujących obowiązki w zakresie wprowadzania danych do systemu POL-on, które mają wejść w życie z dniem 1 stycznia 2018 r., oraz przepisów dotyczących uwierzytelniania dokumentów przez Narodową Agencję Wymiany Akademickiej, które wejdą w życie z dniem 1 lutego 2018 r.